基于全基因组重测序技术的‘红叶’杜仲SNP位点开发

作     者：杨赟 陈梦娇 杜庆鑫 朱景乐 杜红岩 杨绍彬 YANG Yun;CHEN Meng-Jiao;DU Qing-Xin;ZHU Jing-Le;DU Hong-Yan;YANG Shao-Bin

作者机构：国家林业和草原局泡桐研究开发中心经济林种质创新与利用国家林业和草原局重点实验室郑州450003 南京林业大学林学院南京210000 河南农业大学林学院郑州450002 

基　　金：中国林业科学研究院中央级公益性科研院所基本业务费专项资金(CAFYBB2014QA037) 

出 版 物：《植物研究》 (Bulletin of Botanical Research)

年 卷 期：2019年第39卷第6期

页      码：947-954页

摘      要：为了挖掘与‘红叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Hongye’)红叶性状紧密联系的SNP位点,进一步揭示红叶性状的遗传基础和分子机理。以‘红叶’杜仲和普通绿叶杜仲‘小叶’杜仲(Eucommia ulmoides‘Xiaoye’)为研究材料,进行覆盖深度约为10x的全基因组重测序。使用SnpEff软件预测变异位点对蛋白编码的影响,结合花色苷的代谢通路和关键酶基因,筛选与‘红叶’杜仲叶色形成相关的差异位点。利用Sanger测序二代测序筛选的SNP位点,分子标记验证群体是‘红叶’杜仲和‘小叶’杜仲。结果表明,‘红叶’杜仲测序产生Clean data为14.16 Gb,‘小叶’杜仲产生Clean data为14.29 Gb。在‘红叶’杜仲中注释到严重影响蛋白质功能的有1516个SNP,中度影响的41328个SNP,在‘小叶’杜仲中存在严重影响蛋白质功能的SNP为1640个,中度影响功能的SNP为47192个。测得26722条基因中有228条基因是与花色苷或类黄酮合成相关的酶基因。经过筛选,确定了12个特异性的SNP位点,均属于外显子区域的错义突变。利用一代测序验证,根据SNP位置设计了7对引物,SNP准确率达到100%。

主 题 词：'红叶’杜仲 全基因组重测序 花色苷 SNP 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

核心收录：

D　O　I：10.7525/j.issn.1673-5102.2019.06.018

馆 藏 号：203825250...