基于二分频率变换的序列相似性查询处理技术

作     者：王国仁 葛健 徐恒宇 郑若石 WANG Guo-Ren;GE Jian;XU Heng-Yu;ZHENG Ruo-Shi

作者机构：东北大学信息科学与工程学院辽宁沈阳110004 

基　　金：国家自然科学基金~~ 

出 版 物：《软件学报》 (Journal of Software)

年 卷 期：2006年第17卷第2期

页      码：232-241页

摘      要：作为基因功能预测的主要手段,序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点.基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性,因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能.分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术,讨论了它们的缺点和不足,提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列相似性查询处理技术.首先,设计了二分频率变换和相应的距离函数,使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力,极大地提高了系统的性能;其次,解决了处理任意长度查询的问题.理论证明和实验结果均表明,2-PFT系统的性能远远优于MRS系统.

主 题 词：序列相似性查询 范围查询 编辑距离 生物信息学 

学科分类：12[管理学] 1201[管理学-管理科学与工程类] 081104[081104] 08[工学] 0835[0835] 0811[工学-水利类] 0812[工学-测绘类] 

核心收录：

D　O　I：10.1360/jos170232

馆 藏 号：203834070...