耗散粒子动力学平衡并行算法的实现

作     者：赵英 佟林 ZHAO Ying;TONG Lin

作者机构：北京化工大学信息科学与技术学院信息中心北京100029 

基　　金：国家"973"计划(2011CB706900) 

出 版 物：《北京化工大学学报（自然科学版）》 (Journal of Beijing University of Chemical Technology(Natural Science Edition))

年 卷 期：2012年第39卷第4期

页      码：111-116页

摘      要：提出了一种耗散粒子动力学(DPD)的平衡并行(BPDPD)算法,解决了传统DPD程序计算时间过长的问题。通过动态的划分模拟空间实现了节点间的负载均衡,并且运用子节点数据本地重建机制有效减少了节点通信的数据量。对锚定蛋白质的聚集做了模拟,实验结果显示,该算法有效的减少DPD模拟的时间,并在10节点的集群上得到了6.3的加速比。

主 题 词：耗散粒子动力学 MPI程序设计 并行计算 分子模拟 锚定蛋白质 

学科分类：081203[081203] 08[工学] 0835[0835] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1671-4628.2012.04.022

馆 藏 号：203857773...