芦笋EST资源的SSR信息分析

作     者：吴建霞 李亚玲 张智俊 管雨 WU Jian-xia;LI Ya-ling;ZHANG Zhi-jun;GUAN Yu

作者机构：浙江农林大学亚热带森林培育技术国家重点实验室培育基地杭州临安311300 浙江农林大学农业与食品科学学院杭州临安311300 

基　　金：国家"863"项目(2007AA021403) 浙江省自然科学基金资助项目(Y307469) 浙江农林大学人才启动基金 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2012年第10卷第2期

页      码：96-100页

摘      要：为了在芦笋中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8590条芦笋(AsparagusofficinalisL.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索。剔除冗余序列,得到非冗余序列8377条。在非冗余序列中共挖掘出469个EST-SSR,平均相隔14.80kb出现1个SSR。在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51%(190/469),其次是三核苷酸34.97%(164/469),六核苷酸21.11%(99/469)。在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22%(62/469)。选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80%,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究。

主 题 词：芦笋 EST—SSRs 引物 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090201[090201] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1672-5565.2012.02.08

馆 藏 号：203873062...