甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

作     者：黄艳岚 张超凡 邹学校 HUANG Yan-lan;ZHANG Chao-fan;ZOU Xue-xiao

作者机构：湖南农业大学园艺园林学院长沙410128 湖南省作物研究所长沙410125 湖南农业大学长沙410128 

基　　金：湖南省农业科技创新团队(2017XC13) 湖南省自然科学基金(2016JJ6070) 湖南省甘薯工程技术研究中心(2018TP2032) 国家现代农业产业技术体系(CARS-11-C-16) 

出 版 物：《植物病理学报》 (Acta Phytopathologica Sinica)

年 卷 期：2019年第49卷第6期

页      码：790-798页

摘      要：利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B(FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3150、2900和3500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7894 bp(MK052980)和7981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。

主 题 词：Small RNA测序 杆状病毒 甘薯杆状病毒 全基因序列 序列分析 

学科分类：09[农学] 0904[农学-动物医学类] 090401[090401] 090402[090402] 

核心收录：

D　O　I：10.13926/j.cnki.apps.000399

馆 藏 号：203884059...