一种快速比对非编码RNA序列-结构的算法

作     者：宋佳 许力 孙洪 Song Jia;Xu Li;Sun Hong

作者机构：浙江大学电气工程学院浙江杭州310027 苏州市职业大学电子信息工程学院江苏苏州215104 

基　　金：江苏省自然科学基金资助项目(BK2011319) 

出 版 物：《江苏大学学报（自然科学版）》 (Journal of Jiangsu University：Natural Science Edition)

年 卷 期：2014年第35卷第1期

页      码：69-74页

摘      要：针对目前基于共变模型的非编码RNA序列搜索软件计算效率低的缺点,对非编码RNA家族的成员序列与家族共变模型的比对结果进行了分析.在传统共变模型中加入了RNA二级结构中结构单元的长度分布信息,设计了一种结构单元的长度限制算法,并根据各个结构单元的长度分布对家族中的序列在进化过程中出现插入和删除的次数进行了限定,从而显著降低了序列结构比对的计算时间.应用C++编写程序实现该方法并对非编码RNA进行搜索.测试结果表明,与基于传统共变模型的搜索方法相比,本方法在不影响搜索精度的同时,能够显著减少序列结构比对所需的计算时间.特别是对于包含大量核苷酸的序列,计算速度的提高更加明显,在对Lin-4家族搜索时,可获得90.76倍的加速效果.

主 题 词：非编码RNA 序列一结构比对 共变模型 结构单元 改进的共变模型 

学科分类：0810[工学-土木类] 08[工学] 0839[0839] 0805[工学-能源动力学] 081201[081201] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1671-7775.2014.01.013

馆 藏 号：203889135...