猪Delta冠状病毒的流行病学调查及M基因序列分析

作     者：马玉飞 李本强 陶洁 程靖华 刘雷 刘惠莉 MA Yufei;LI Benqiang;TAO Jie;CHENG Jinghua;LIU Lei;LIU Huili

作者机构：上海市农业科学院畜牧兽医研究所上海种猪工程技术研究中心上海201106 上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心上海201306 

基　　金：上海市科技兴农推广项目[沪农科(2017)第1-11号] 上海市生猪产业体系项目[沪农科产字(2014-2018)第6号] 

出 版 物：《上海农业学报》 (Acta Agriculturae Shanghai)

年 卷 期：2020年第36卷第1期

页      码：71-76页

摘      要：为了解猪Delta冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus,PDCoV)在发生腹泻疫情猪群中的感染情况,根据PDCoV M基因的保守序列设计了一对RT-PCR检测引物,建立了猪Delta冠状病毒的RT-PCR的检测方法,其最低核酸检测限量为3.92×10^3 copies/μL,特异性和灵敏度均较好。利用该方法对2015—2017年上海周边猪场的518份猪腹泻粪便样品进行检测,检测出25份PDCoV阳性样品,感染阳性率达4.8%。在所检出的阳性样本中,PDCoV与猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)和猪星状病毒(porcine astrovirus,PAstV)的混合感染率较高,分别为40%和48%;PDCoV与猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)混合感染率为8.0%,未检测到PDCoV与猪传染性胃肠炎病毒(transmissible gastroenteritis virus,TEGV)混合感染的样本。随机选取10份PDCoV阳性样本,对扩增的M基因片段同源性进行分析,结果,10份样品中核苷酸同源性达95.0%—99.6%,与GenBank登录的PDCoV毒株的同源性为96.1%—100%,说明目前流行的PDCoV毒株的遗传差异不大,该研究为了解PDCoV流行情况提供了参考依据。

主 题 词：潴Delta冠状病毒 基因 RT-PCR 进化分析 

学科分类：090601[090601] 09[农学] 0906[农学-水产类] 

D　O　I：10.15955/j.issn1000-3924.2020.01.12

馆 藏 号：203891265...