茶树TIDH核苷酸多样性及与咖啡碱含量的关联分析

作     者：周晨阳 金基强 马春雷 姚明哲 陈亮 

作者机构：中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心杭州310008 

基　　金：国家茶叶产业技术体系项目(CARS-023) 国家自然科学基金项目(30901159 31170624 31100504) 浙江省自然科学基金项目(Y3090041) 

出 版 物：《园艺学报》 (Acta Horticulturae Sinica)

年 卷 期：2013年第40卷第5期

页      码：981-988页

摘      要：咖啡碱是嘌呤碱中最重要的一种,对茶叶的滋味等品质起重要的作用,对于咖啡碱代谢途径的研究有重要意义。根据NCBI登录的TIDH基因(编码咖啡碱合成途径的一个关键酶——次黄嘌呤核苷酸脱氢酶)cDNA设计引物,克隆获得了一条基因组DNA的中间片段,长4172bp(TIDH3)。从中国茶树资源核心种质中选取咖啡碱含量有代表性的95份资源进行了两个年度、春秋两季的咖啡碱含量HPLC测定,大部分材料的咖啡碱含量在2.50%～4.50%,4次重复的平均值为3.50%,变异系数在15.52%～19.25%,表明茶叶咖啡碱含量在不同年份与季节都是相对稳定的。经PCR扩增、测序和序列多态性分析,TIDH3中的一个759bp片段的总核苷酸多样性指数πT和θW分别为0.006和0.012,同义突变多样性πsyn=0.009大于非同义突变多样性πnonsyn=0.006。Ka/Ks=0.600<1,认为TIDH3基因受到负向选择作用。TIDH3基因连锁不平衡分析表明,基因内的连锁不平衡衰减速度较快,在约300bp范围内r2值降低到了0.2。通过关联分析,获得两个与咖啡碱含量显著相关的SNP位点,遗传贡献率分别为10.43%和5.68%。

主 题 词：茶树 咖啡碱 次黄嘌呤核苷酸脱氢酶 TIDH 基因克隆 关联分析 

学科分类：09[农学] 090203[090203] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 

核心收录：

D　O　I：10.16420/j.issn.0513-353x.2013.05.003

馆 藏 号：203896584...