计算识别水稻基因组中microRNA基因

作     者：金伟波 吴方丽 孔栋 郭蔼光 杨淑慎 JIN Wei-bo;WU Fang-li;KONG Dong;GUO Ai-guang;YANG Shu-shen

作者机构：西北农林科技大学生命科学学院 

基　　金：国家转基因研究与产业化开发专项(JY03A-11-01) 陕西省农业分子生物学重点实验室项目 

出 版 物：《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 (Journal of Northwest A&F University(Natural Science Edition))

年 卷 期：2006年第34卷第12期

页      码：97-100页

摘      要：一些低丰度的m iRNA和组织特异性m iRNA往往很难发现,利用生物信息学方法,根据已知水稻m iRNA的各种属性,设计m iRNA前体预测程序——P reM iRF ind,从全基因组范围中预测出1 375条m iRNA前体,然后利用已知拟南芥的m iRNA对这1 375条前体进行同源检索,找出166条m iRNA前体,再用水稻已知的m iRNA对这166条序列进行检索,发现其中153条与已知的水稻m icroRNA完全相同,对剩余的13条m iRNA前体预测序列用m Fo ld作进一步结构分析,最后得到10条新的候选m iRNA基因序列。

主 题 词：水稻基因组 RNAfold microRNA 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 071010[071010] 081704[081704] 07[理学] 08[工学] 0817[工学-轻工类] 09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

核心收录：

D　O　I：10.3321/j.issn:1671-9387.2006.12.020

馆 藏 号：203901504...