2009年云南省 Echo30分离株 KM／A363／09全基因组序列分析

作     者：白巍 陈俊英 潘玥 朱艳菊 邵聪文 刘建生 马绍辉 Bai Wei;Chen Junying;Pan Yue;Zhu Yanju;Shao Congwen;Liu Jiansheng;Ma Shao-hui

作者机构：中国医学科学院 北京协和医学院 医学生物学研究所 云南省重大传染病疫苗研发重点实验室 昆明650118 

基　　金：云南省应用基础研究项目(2013FZ136) 

出 版 物：《中华微生物学和免疫学杂志》 (Chinese Journal of Microbiology and Immunology)

年 卷 期：2014年第34卷第5期

页      码：388-392页

摘      要：目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．1软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7425 bp，编码2194个氨基酸。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Bastianni的同源性分别为81．2％和95．8％；与其他Echo30型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．2％～88．6％和95．8％～97．8％；进化分析发现KM／A363／09毒株属于中国Echo30分支中的一支。而且发现KM／A363／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论云南分离株KM／A363／09属于中国Echo30分支中的一支，而中国分离株已经发生一定的进化。

主 题 词：Echo30 全基因序列 序列分析 Echovirus 30 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 100208[100208] 1002[医学-临床医学类] 1001[医学-基础医学] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2014.05.014

馆 藏 号：203904634...