利用芥菜转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析

作     者：李永平 张双照 薛珠政 温庆放 LI Yong-ping;ZHANG Shuang-zhao;XUE Zhu-zheng;WEN Qing-fan

作者机构：福建省农业科学院蔬菜研究中心福州350013 福建省农业科学院作物研究所福州350013 龙岩市农业科学研究所龙岩36400 

基　　金：国家特色蔬菜产业技术体系项目(CARS-24-G-07) 福建省科技厅农业引导性(重点)项目(2017N0048) 福建省农业科学院10、福建省财政专项-福建省农业科学院科技创新团队建设项目蔬菜科技创新团队项目(STIT2017-1-2) 

出 版 物：《福建农业学报》 (Fujian Journal of Agricultural Sciences)

年 卷 期：2020年第35卷第2期

页      码：169-177页

摘      要：【目的】为开发高效的芥菜Brassicajuncea.分子标记。【方法】本研究通过对芥菜转录组测序的信息搜索SSR位点并分析其分布特点,应用Primer 3.0软件设计SSR引物,随机选择50对引物扩增44份芥菜种质,检测其多态性。【结果】芥菜转录组测序共获得55636条unigene,全部序列有48193376 bp;有7834条unigene包含SSR的序列,从中鉴定出9526个SSR位点,其中有1371条序列包含1个以上SSR,复合SSR有572个,SSR发生频率为14.08%。优势重复基序为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR的51.12%和41.91%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点的34.74%,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占总位点的18.30%。共设计出21282对SSR引物,随机选择50对引物进行PCR扩增,其中41对扩增出清晰可重复的预期条带,17对(占34%)在44份芥菜种质中表现出多态性。应用UPGMA得到将44份供试材料分为4大类聚类图,可准确地体现了芥菜种质材料的关系。【结论】根据芥菜转录组数据能开发出类型丰富、效率较高的SSR标记,为芥菜亲缘关系分析和遗传图谱构建等提供更可靠的标记。

主 题 词：芥菜 转录组 SSR 多态性 

学科分类：09[农学] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 090202[090202] 

D　O　I：10.19303/j.issn.1008-0384.2020.02.007

馆 藏 号：203906754...