一个RNAi载体上反向重复片段的测序策略

作     者：杨文文 倪嘉瑶 胡蕊洁 王华忠 YANG Wen-wen;NI Jia-yao;HU Rui-jie;WANG Hua-zhong

作者机构：天津师范大学生命科学学院天津市动植物抗性重点实验室天津300387 

基　　金：国家自然科学基金项目(31971829) 天津市自然科学基金项目(17JCZDJC33800) 天津市高校中青年骨干创新人才培养计划(135305JF78) 天津师范大学中青年教师学术创新推进计划(1353P2XC1604) 

出 版 物：《生物技术通报》 (Biotechnology Bulletin)

年 卷 期：2020年第36卷第5期

页      码：205-210页

摘      要：相邻的反向重复DNA片段有形成单链内二级结构的倾向,属于一种测序困难的DNA模板。解决RNAi载体插入的反向重复片段的测序问题,为该类载体正确性的测序验证奠定基础。采用常规分子克隆方法构建表达小麦TaATG2串联反向重复片段的RNAi载体,设计2种策略对经菌落PCR初步鉴定的载体进行测序验证:一种是以完整的载体质粒为模板进行测序;另一种是先对载体进行酶切处理,切除反向重复片段中的一个后对保留另一个片段的线性载体进行测序。结果表明,第一种测序策略受到串联反向重复片段形成的单链内部二级结构的影响,测序信号在反向重复片段处出现衰减或乱峰,无法读取序列。第二种测序策略排除了2个反向重复片段之间的干扰,保留在载体上的片段测序信号清晰,序列准确。采用酶切切除一个片段后进行测序的方法,经过2次酶切和2次测序可以有效地对载体上的2个反向重复片段分别进行序列测定,进而确认构建载体的正确性。

主 题 词：RNA干扰 载体构建 反向重复 测序 

学科分类：0831[工学-公安技术类] 0711[理学-心理学类] 07[理学] 08[工学] 

核心收录：

D　O　I：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0977

馆 藏 号：203933977...