荧光交换标记法基因表达芯片的数据挖掘

作     者：廖之君 马文丽 梁爽 刘华 张海燕 陈数珍 郑文岭 LIAO Zhijun;MA Wenli;LIANG Shuang;LIU Hua;ZHANG Haiyan;CHEN Shuzhen;ZHENG Wenling

作者机构：南方医科大学基因工程研究所 

基　　金：广东省生物芯片重点实验室基金资助项目(2004B60144) 

出 版 物：《福建医科大学学报》 (Journal of Fujian Medical University)

年 卷 期：2008年第42卷第3期

页      码：236-239页

摘      要：目的探讨荧光染料交换标记设计的基因芯片数据挖掘方法,并对低剂量电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱数据进行分析。方法应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO数据库的8个样品GSM(包含4个时间点),选择正确的参数设置上载数据,运用ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行功能归类分析。结果获得203条差异表达基因,合并相同基因名后为176条基因。双向聚类和主成分分析发现,样品的24 h时间点基因表达谱与前3个时间点有显著差异,功能归类分析提示,多个生物通路如细胞周期、核酸代谢、DNA代谢等被显著激活。结论应用这种方法可以挖掘荧光交换标记的微阵列数据,低剂量电离辐射对人成纤维细胞基因表达有时间累积效应,可能引起DNA损伤、细胞周期阻滞等变化,诱导细胞凋亡。

主 题 词：荧光 成纤维细胞 辐射 电离 芯片分析技术 自动数据处理 

学科分类：1001[医学-基础医学] 10[医学] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1672-4194.2008.03.012

馆 藏 号：203955750...