昆明犬PPARGC1A基因编码区克隆及生物信息学分析

作     者：李静 万九生 邓卫东 陈超 岳锐 黎立光 LI Jing;WAN Jiusheng;DENG Weidong;CHEN Chao;YUE Rui;LI Liguang

作者机构：公安部昆明警犬基地昆明650201 公安部警犬技术重点实验室昆明650201 云南农业大学动物科技学院昆明650201 

基　　金：公安部科技强警基础工作专项项目(2018GABJC27) 公安部科技强警基础工作专项项目(2019GABJC29) 云南省科技厅科技计划项目基础研究计划项目(青年项目)(2019FD025) 

出 版 物：《饲料博览》 (Feed Review)

年 卷 期：2020年第30卷第7期

页      码：1-10页

摘      要：文章旨在获得昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析。根据Gen Bank中公布的序列设计一对特异性引物,采集昆明犬的肌肉组织提取总RNA,反转录成c DNA。以c DNA为模板进行RT-PCR扩增,并获得目的基因片段,将其插入载体,利用生物信息学软件对所获序列进行分析。试验成功克隆出昆明犬基因,cds长度为2 246 bp,共编码724个氨基酸序列。比对结果显示,昆明犬PPARGC1A基因与参考序列的同源性为100%。同源性比对结果昆明犬PPARGC1A基因的同源性与赤狐(登录号:XM025997319.1)、野牦牛(登录号:XM005897079.2)、牛(登录号:NM177945.3)、人(登录号:NM013261.5)、家鼠(登录号:NM008904.2)、卡氏小鼠(登录号:XM021162167.2)、欧亚野猪(登录号:NM213963.2)的同源性分别为99.6%、95%、95%、95.4%、91.7%、91.6%、95%。系统进化树分析发现,昆明犬与家犬的遗传距离最近,与小鼠遗传关系最远。PPARGC1A蛋白分子质量0971.82 ku,理论等电点p I为11.20。氨基酸组成亮氨酸Leu(L)占比最高,比例为11.3%。PPARGC1A蛋白不稳定性指数(Ⅱ)为59.16,这表明PPARGC1A基因编码蛋白质分类是不稳定的。脂肪指数为81.60,平均亲水系数(GRAVY)为-0.336,表明此蛋白亲水性差,脂溶性强。昆明犬PPARGC1A编码蛋白存在1个跨膜结构,二级结构预测昆明犬PPARGC1A蛋白中α螺旋、延伸链、β转角及无规则卷曲分别占28.04%、20.99%、6.77%、48.62%,三级结构与二级结构相一致。试验成功克隆出昆明犬PPARGC1A基因的编码区域cds序列,并对其进行生物信息学分析,为研究PPARGC1A基因对警犬的肌肉形成机理和产能等影响提供理论依据。

主 题 词：昆明犬 PPARGC1A基因 克隆 生物信息学分析 同源性分析 

学科分类：0905[农学-林学类] 09[农学] 

馆 藏 号：203959790...