吴茱萸SOD基因片段克隆和SNP分析

作     者：吴波 高丹 潘超美 罗光明 张寿文 WU Bo;GAO Dan;PAN Chao-mei;LUO Guang-ming;ZHANG Shou-wen

作者机构：江西中医学院江西省中药种质资源工程技术研究中心江西南昌330004 江西中医学院药学院江西南昌330004 广州中医药大学中药学院广东广州510006 

基　　金：国家"十二五"科技支撑计划项目(2011BAI04B04) 

出 版 物：《江西农业大学学报》 (Acta Agriculturae Universitatis Jiangxiensis)

年 卷 期：2011年第33卷第6期

页      码：1206-1211页

摘      要：根据GenBank已报道的多种植物Cu/Zn-SOD基因和Mn/Fe-SOD基因的保守区域,分别设计了两对用于克隆10种吴茱萸属植物Cu/Zn-SOD基因和Mn/Fe-SOD基因核心片段的简并引物。试验所得的Cu/Zn-SOD基因片段长度为375 bp,Mn/Fe-SOD基因片段长度为429 bp,分别编码125个和143个氨基酸残基。使用DAM-BE和DNAStar5.0生物统计软件对序列进行同源性比对,10种吴茱萸属植物与其他多种植物的Cu/Zn-SOD基因核苷酸序列同源性大于74%,氨基酸序列同源性大于79%;Mn/Fe-SOD基因的核苷酸序列同源性大于78%,氨基酸序列同源性大于81%。在所克隆的Cu/Zn-SOD基因片段中有21个核苷酸SNPs位点,导致6个氨基酸位点变异,多态性频率为1SNP/17.9 bp,核苷酸和氨基酸变异度分别为5.6%和4.8%;在所克隆的Mn/Fe-SOD基因片段中有17个核苷酸SNPs位点,导致3个氨基酸位点变异,多态性频率为1SNP/25.2 bp,核苷酸和氨基酸变异度分别为4.0%和2.1%。采用Neighbour-Joining聚类法,对10种吴茱萸属植物的Cu/Zn-SOD基因片段的核苷酸序列进行聚类分析,构建了精确遗传聚类图谱。

主 题 词：吴茱萸 SOD 基因克隆 SNP 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 090102[090102] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1000-2286.2011.06.032

馆 藏 号：203965052...