茶树‘云抗10号’全基因组SSR信息分析及4CL基因引物开发

作     者：彭靖茹 檀业维 黄寿辉 温立香 张芬 冯春梅 李嫄 Peng Jingru;Tan Yewei;Huang Shouhui;Wen Lixiang;Zhang Fen;Feng Chunmei;Li Yuan

作者机构：广西壮族自治区亚热带作物研究所南宁530001 

基　　金：广西科技计划项目(桂科AB18221004) 广西壮族自治区直属公益性科研院所基本科研业务费专项基金项目(桂热研201804) 广西科技计划项目(桂科AD18281068) 国家现代农业产业技术体系广西茶叶创新团队南宁试验站专项资金共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第16期

页      码：5411-5418页

摘      要：SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在茶树的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学及统计学的方法,对已成功绘制了高质量基因组图谱的‘云抗10号’茶树全基因组进行分析,获得428 654个具有引物片段的SSR标记。通过对这些SSR区段进行分析,发现不同碱基数目的重复单元之间具有较大的差异:含有二核苷酸的重复单元最多,占总数的54.04%;其次为三核苷酸重复单元,占总数的31.52%。经比较,在茶树与可可的基因组SSR中,二核苷酸SSR重复单元数量最少的都是CG/GC基元;三核苷酸SSR重复单元中数量较少的都有CCG/CGC/GCC基元类型;四核苷酸SSR重复单元最多的都是AAAT/TTTA基元。为进一步研究及验证所设计SSR引物的有效性及多态性,对茶树酚类合成途径中关键酶4-香豆酸乙酰连接酶(4CL)进行SSR引物开发并进行生物信息学分析,获得17对引物。其中13对SSR引物扩增的区域有分布在基因间区,2对在内含子区及2对在5 上游非翻译区。挑选其中的6对引物进行多态性的研究,发现位于内含子区的2对引物具有多态性,其它不表现。在茶树全基因组中大规模开发SSR标记,将为茶树的进化、分类和育种研究提供参考。

主 题 词：茶树 云抗10号 基因组 SSR标记 4-香豆酸乙酰连接酶 

学科分类：09[农学] 090203[090203] 0902[农学-自然保护与环境生态类] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.018.005411

馆 藏 号：203968934...