基于甘草全基因组序列的SSR分子标记开发

作     者：詹海仙 王颖莉 杜晨晖 张丹 李睿 杨梦茹 张朔生 Zhan Haixian;Wang Yingli;Du Chenhui;Zhang Dan;Li Rui;Yang Mengru;Zhang Shuosheng

作者机构：山西中医药大学中药与食品工程学院晋中030619 

基　　金：山西省重点研发计划项目(201903D221053) 山西中医药大学博士科研启动基金项目(2020BK05) 山西中医药大学科技创新团队(2018TD-009)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第18期

页      码：6093-6100页

摘      要：由于不同基原和产地的甘草有效成分差异较大,开发甘草特异分子标记对于种质资源鉴定意义重大。本研究以甘草全基因组序列为基础,检测到193 207个SSR位点,发生频率为73.52%。单核苷酸重复类型最多(60.73%),其次为二核苷酸(26.11%)和三核苷酸重复单元(10.95%)。分析重复序列位点发现,甘草SSR中包含284种类型重复基元,具有碱基偏好性,主要以A/T为主要重复单元,优势基元依次为A/T (58.28%)、AG/CT (10.48%)、AT/AT (10.48%)、AC/GT (5.12%)、AAT/ATT (3.57%)。优选140 294个重复位点设计出701 302对SSR引物,随机选取100对引物进行有效性检测,63对引物均扩增出目标条带,其中,12对引物能在材料间扩增出特异性条带,可用于对不同产地甘草进行区分。本研究开发的大量SSR标记不仅可用于甘草种质资源的鉴定分析,也将用于进一步的甘草分子标记辅助中。

主 题 词：甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.) 基因组 重复序列 SSR标记 开发 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.018.006093

馆 藏 号：203977945...