微生物基因数据库在氮循环功能基因注释中的应用

作     者：张博雅 余珂 ZHANG Bo-Ya;YU Ke

作者机构：北京大学深圳研究生院环境与能源学院广东深圳518055 

基　　金：国家自然科学基金(51709005) 

出 版 物：《微生物学通报》 (Microbiology China)

年 卷 期：2020年第47卷第9期

页      码：3021-3038页

摘      要：氮循环是微生物和化学过程介导的生物地球化学循环。利用基因测序技术研究环境中参与氮循环的微生物群落、微生物及功能基因,是环境基因组学和微生物生态学的重要研究热点。近年来,各种类型的数据库被开发并应用到功能分析中。本文结合时下最新研究成果,聚焦由微生物引起的同化硝酸盐还原作用、异化硝酸盐还原作用、反硝化作用、固氮作用、硝化作用(包括完全氨氧化作用)和厌氧氨氧化作用等6种无机氮循环途径的功能基因,对比了National Center for Biotechnology Information (NCBI)、Integrated Microbial Genomes (IMG)、Universal Protein (UniProt)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)、 Protein Families(Pfam)、 Functional Gene(FunGene)、Clusters of Orthologous Groups (COG)和NCycDB等数据库的设计理念和功能特点,并结合环境介质、表征基因、分析方法和比对方法等影响因素,分析了以上数据库在氮循环功能基因注释中的选择及应用方式,展望了未来氮循环基因数据库的发展方向,以期为研究人员了解氮循环基因家族和选择合适的数据分析平台提供参考。

主 题 词：微生物 氮循环 功能基因 数据库 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 071007[071007] 

核心收录：

D　O　I：10.13344/j.microbiol.china.200233

馆 藏 号：203978756...