霍山石斛叶转录组中SSR位点信息分析

作     者：洪克前 夏维丽 李佩玲 徐函兵 谷会 陈丽 Hong Keqian;Xia Weili;Li Peiling;Xu Hanbing;Gu Hui;Chen Li

作者机构：中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/海南省热带园艺产品采后生理与保鲜重点实验室广东湛江524091 信阳农林学院河南信阳464000 

基　　金：河南省科技攻关项目“铁皮石斛容器保湿栽培技术研究”(172102110248) 信阳市科技计划项目“铁皮石斛仿开放组培立体栽培研究”(160033) 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项一中国热带农业科学院院级创新团队项目(1630062017032) 

出 版 物：《中国农学通报》 (Chinese Agricultural Science Bulletin)

年 卷 期：2020年第36卷第27期

页      码：106-110页

摘      要：开发霍山石斛简单重复序列(SSR)分子标记,为霍山石斛遗传多样性和种质资源鉴定的研究提供技术支撑。利用Illumina HiSeq X10平台对霍山石斛叶片进行转录组测序,Microsatellite(MISA)软件分析霍山石斛转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,软件Primer 5设计引物。从202080条Unigene中搜到43291个SSR位点,分布在36382条Unigene序列中,发生频率为18.00%,平均每6.08 kb含1个SSR位点,共有463种重复基元,单核苷酸重复占主要地位,发生频率为47.62%,在所有重复基元中,A/T出现频率最高(47.06%)。试验共获得13960条SSR引物。

主 题 词：霍山石斛 转录组 多态性 SSR 标记开发 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

馆 藏 号：203982485...