基于大花四照花转录组的SSR分布特征分析及引物开发

作     者：刘佳奇 方彦 陈云霞 Liu Jiaqi;Fang Yan;Chen Yunxia

作者机构：南京森林警察学院刑事科学技术学院南京210000 北京林业大学省部共建森林培育与保护教育部重点实验室北京100083 

基　　金：国家林业局948项目(2015-4-14)资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第20期

页      码：6769-6775页

摘      要：大花四照花是极具开发价值的观赏性植物资源,合理开发和可持续利用其种质资源十分必要。本研究以第二代高通量测序的转录组测序数据为基础,通过MISA软件对大花四照花转录组的SSR位点进行筛选和分析。结果显示,共获得30 401个SSR位点,SSR的分布频率为22.90%,平均每2.88 kb出现一个SSR位点;大花四照花SSR位点的重复类型以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主,各占所有位点的45.73%和37.98%;重复基序类型较为丰富,共有196种,其中单核苷酸A/T重复类型的数量最多。SSR的重复次数主要以5~30次为主,长度分布在10~87 bp之间,平均长度为17.39 bp。随机选取48对设计的SSR引物进行PCR检测,共有35对引物能扩增出单一、清晰的条带,有效扩增率为72.92%。大花四照花转录组中SSR位点的数量和种类比较丰富,分布密度较大,初步开发的SSR引物扩增率较好,具有潜在的多态性,可为后期的种质资源开发与保护、遗传连锁图谱的构建及分子标记辅助育种等提供基础。

主 题 词：大花四照花(Cornus florida) 转录组 SSR 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.018.006769

馆 藏 号：203987315...