牦牛lncFAM200B的克隆鉴定、表达及生物信息学分析

作     者：赵丽玲 王会 柴志欣 王吉坤 王嘉博 武志娟 信金伟 钟金城 姬秋梅 ZHAO Liling;WANG Hui;CHAI Zhixin;WANG Jikun;WANG Jiabo;WU Zhijuan;XIN Jinwei;ZHONG Jincheng;JI Qiumei

作者机构：西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省、教育部重点实验室四川成都610041 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850000 

基　　金：西南民族大学研究生创新型科研项目(CX2019SZ77) 国家肉牛牦牛产业技术体系项目(CARS-37) 青藏高原生态畜牧业协同创新中心开放基金(QZGYXT02) 西藏自治区财政专项(XZNKY-2019-C-052) 

出 版 物：《华北农学报》 (Acta Agriculturae Boreali-Sinica)

年 卷 期：2020年第35卷第5期

页      码：220-230页

摘      要：旨在克隆鉴定牦牛lncFAM200B,为探索其在牦牛肌肉和脂肪发育过程中的调控作用奠定基础。以臀肌cDNA为模板,设计特异性引物扩增lncFAM200B全长序列,用在线软件CPC、CPAT对该lncRNA的编码能力进行预测,进一步通过原核表达试验鉴定其编码能力;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)对lncFAM200B进行组织表达分析,通过TargetScan 7.1和miRanda预测与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,利用DAVID在线软件对靶基因进行GO和KEGG分析。结果显示,牦牛lncFAM200B长度为531 bp;相较于普通牛多59 bp,编码潜能为-1.2874,且原核表达试验验证该lncRNA不具备蛋白编码能力,表明牦牛lncFAM200B确为lncRNA;组织表达谱研究表明,lncFAM200B在牦牛肺脏组织中表达量较高。与lncFAM200B具有潜在相互作用miRNA的靶基因,如Sirt1、SCD5、KLF9、PTEN和MYPN等,与肌肉和脂肪发育相关。为进一步探讨牦牛lncFAM200B在肌肉和脂肪发育中的生物学功能提供参考依据。

主 题 词：牦牛 lncFAM200B 克隆 组织表达 肌肉发育 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 0905[农学-林学类] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

核心收录：

D　O　I：10.7668/hbnxb.20191071

馆 藏 号：203991818...