埃可病毒7型分离株全基因序列分析

作     者：邱晓枫 吕华坤 刘小东 潘劲草 汪皓秋 陈树昶 QIU Xiaofeng;LYU Huakun;LIU Xiaodong;PAN Jincao;WANG Haoqiu;CHEN Shuchang

作者机构：杭州市疾病预防控制中心杭州310021 浙江省疾病预防控制中心杭州310051 

基　　金：杭州市农业与社会发展科研计划项目(项目号:20170533B76),题目:杭州市区手足口病患儿中埃可病毒的检测及其分子特征研究 浙江省公益技术应用基金(项目号:2012C33063),题目:儿童重症病毒性脑炎早期识别和干预关键技术研究 

出 版 物：《病毒学报》 (Chinese Journal of Virology)

年 卷 期：2020年第36卷第6期

页      码：1050-1058页

摘      要：埃可病毒7型(Echovirus 7,ECHO7)属于小RNA病毒科人肠道病毒属,常引起儿童病毒性脑炎、手足口病和急性迟缓性麻痹等疾病。为了解病毒性脑炎患者脑脊液中分离获得的一株ECHO7毒株(40/Longyou/ZJ)的全基因组特征,进行全基因组测序并分析其分子变异和遗传进化特点。设计引物,提取病毒RNA,PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4.1、DNAstar、RDP4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。40/Longyou/ZJ病毒株基因组全长7426个核苷酸(nt),5′端和3′端分别为741nt和100nt的非编码区(Untranslated region,UTR),5′UTR和3′UTR间为一个6585nt长的开放阅读框,编码含2194个氨基酸的多聚蛋白。与GenBank中12株ECHO7代表株的全序列比较发现,核苷酸相似性为79.3%~85.7%,氨基酸相似性为95.5%~97.8%。基于5′UTR、P1和P2区构建的遗传进化树中,40/Longyou/ZJ株与ECHO7参考株均在同一进化分支;但在P3区的遗传进化树中却与其他肠道病毒B组病毒聚类。RDP4和SimPlot3.5.1软件分析均证实40/Longyou/ZJ分离株与柯萨奇病毒B组4型(Coxsackievirus B4,CVB4)存在基因自然重组现象,重组位点主要在编码逆转录酶蛋白的3D区。本研究首次对我国脑脊液中分离的ECHO7进行全基因序列测定和分析,发现40/Longyou/ZJ分离株与CVB4存在基因重组,对研究ECHO7的遗传特性具有重要意义。

主 题 词：埃可病毒 全基因组 序列分析 重组 

学科分类：1007[医学-药学类] 100705[100705] 1001[医学-基础医学] 100103[100103] 10[医学] 

核心收录：

D　O　I：10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003775

馆 藏 号：203991833...