基于RNA-Seq的转录组分析方法

作     者：郭茂祖 杨帅 赵玲玲 GUO Mao-zu;YANG Shuai;ZHAO Ling-ling

作者机构：北京建筑大学电气与信息工程学院北京100044 建筑大数据智能处理方法研究北京市重点实验室北京100044 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院哈尔滨150001 

基　　金：国家自然科学基金(61532014,61871020) 北京市教委科技计划重点项目(KZ201810016019) 北京市属高校高水平创新团队建设计划项目(IDHT20190506) 国家重点研发计划子课题(2016YFC0901902-5) 2020年度研究生创新项目(PG202005) 

出 版 物：《计算机科学》 (Computer Science)

年 卷 期：2020年第47卷第S2期

页      码：35-39页

摘      要：RNA-Seq技术凭借测序成本低、精度高、覆盖范围广等优点,已经成为了转录组分析的重要方法,为研究基因表达模式、疾病的生物标志物探测、作物抗逆性研究和分子育种等提供了新的手段。然而,RNA-Seq产生的海量数据也给数据分析带来了挑战,如何有效地对RNA-Seq数据进行处理和分析成为了生物信息学研究的热点。文中对基于RNA-Seq技术的转录组分析流程进行介绍,包括RNA-Seq数据预处理、差异表达分析和高层分析。其中,RNA-Seq数据预处理即对原始测序数据进行质控和定量计算;差异表达分析则是对基因进行筛选,通常基于统计学或机器学习两种方法;高层分析是对差异基因进一步处理,通过富集分析等手段确定基因功能和调控网络。最后,对基于RNA-Seq的转录组分析方法的发展进行了探讨。

主 题 词：RNA-Seq 转录组分析 机器学习 差异表达分析 富集分析 

学科分类：0831[工学-公安技术类] 081203[081203] 08[工学] 0835[0835] 0836[0836] 0812[工学-测绘类] 

D　O　I：10.11896/jsjkx.200600057

馆 藏 号：203991990...