基于天竺桂转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发

作     者：段豪 施钦 王紫阳 宣磊 徐建华 杨颖 芦治国 Duan Hao;Shi Qin;Wang Ziyang;Xuan Lei;Xu Jianhua;Yang Ying;Lu Zhiguo

作者机构：中国科学院植物研究所江苏省落羽杉属树木种质创新与繁育工程研究中心南京210014 

基　　金：中央财政林业科技推广示范项目(苏(2018)TG01) 江苏省现代农业重点面上项目(BE2017372)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第21期

页      码：7095-7103页

摘      要：为开发天竺桂EST-SSR引物,采用Illumina测序平台对天竺桂根部和叶片组织进行转录组测序,拼接得到80 149条Unigenes,利用MISA软件在17 328条大于1 kb的Unigene中检索到10 540个SSR位点,出现频率为60.83%,分布于7 804条Unigene,发生频率为9.7%。共检测到60种SSR重复基元类型,单核苷酸重复(52.4%)、二核苷酸重复(16.1%)和三核苷酸重复(9.9%)为主要的重复类型。A/T、AG/TC和AAG/CTT分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸类型中主导的重复基元。利用Primer 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机挑选50对SSR引物,以四个省份5个群体30株不同的天竺桂为材料进行验证,聚丙烯酰胺银染法检测出23对引物可进行有效扩增,其中7对具有多态性。利用毛细管荧光电泳法检测7对多态性引物的位点多态信息含量为0.199~0.832,平均值为0.46,表现出较高的多态性。本研究首次基于天竺桂转录组高通量测序数据开发了EST-SSR分子标记,为天竺桂构建遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等工作提供科学基础。

主 题 词：天竺桂(Cinnamomum japonicum) 转录组 EST-SSR PAGE 毛细管荧光电泳 

学科分类：090706[090706] 0907[农学-草药学] 09[农学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.018.007095

馆 藏 号：203993275...