红花檵木全基因组分析

作     者：张霞 张大毛 张力 王香菲 熊兴耀 甘德欣 于晓英 李炎林 Zhang Xia;Zhang Damao;Zhang Li;Wang Xiangfei;Xiong Xingyao;Gan Dexin;Yu Xiaoying;Li Yanlin

作者机构：湖南农业大学园艺学院长沙410128 湖南农业大学湖南省中亚热带优质花木繁育与利用工程技术研究中心长沙410128 中国农业科学院蔬菜花卉研究所北京100018 湖南农业大学风景园林与艺术设计学院长沙410128 

基　　金：湖南省科技计划(2018TP2007) 湖南省科技厅重点研发计划项目(2016NK2100) 湖南农业大学‘双一流'建设项目科学研究培育项目(SYL201802026,SYL2019012) 湖南省教育厅项目(18B124) 湖南农业大学第三批重大科研项目暨创新团队培育工程(201909)共同资助 

出 版 物：《分子植物育种》 (Molecular Plant Breeding)

年 卷 期：2020年第18卷第21期

页      码：7023-7029页

摘      要：红花檵木花红叶艳、耐修剪、抗逆性强和生态适应性广,广泛应用于城市绿化和园林美化,是重要的中药材。其分子生物研究进展缓慢,红花檵木全基因组的破译能为其花色、叶色、株型、主要功能成分代谢等方面的深入研究提供坚实的基础。本研究基于Illumina测序平台测定了红花檵木基因组,运用生物信息学的方法预测其基因组大小,分析了基因组的杂合度、重复序列情况、GC含量等基因组特征,并进一步用SOAP de novo软件进行了基因组的组装。研究表明:红花檵木基因组大小的校正值为2.87 Gb;红花檵木基因组具有高重复序列和低杂合的特点,重复序列比率为76.32%,杂合率为0.20%,GC含量为35.52%;利用SOAP de novo软件对49.42 Gb Clean data进行了组装,得到4 333 224条Scaffold,拼接序列总长度为1 504 451 854 bp,组装后得到的最长序列为26 254 bp,N50为528 bp,N90为133 bp,后续研究建议采用Illumina+PacBio RSⅡ测序技术相结合方式,辅以Hi-C技术及其相应的拼接组装软件,有望得较好的红花檵木全基因组图谱。

主 题 词：红花檵木(Loropetalum chinense var.rubrum) 基因组大小 杂合度 全基因组 

学科分类：1008[医学-中药学类] 10[医学] 

D　O　I：10.13271/j.mpb.018.007023

馆 藏 号：203993306...