基于叶绿体DNA的籼-粳稻谷(米)SYBR-Green实时荧光PCR鉴定方法的建立

作     者：陈文炳 邵碧英 林阳武 缪婷玉 彭娟 郭菁 陈彬 彭华毅 CHEN Wen-Bing;SHAO Bi-Ying;LIN Yang-Wu;MIAO Ting-Yu;PENG Juan;GUO Jing;CHEN Bin;PENG Hua-Yi

作者机构：福州海关技术中心福建省检验检疫技术研究重点实验室福州350001 

基　　金：福建省科技计划农业引导性(重点)项目(2019N0026) 

出 版 物：《中国口岸科学技术》 (China Port Science and Technology)

年 卷 期：2020年第2卷第10期

页      码：17-25页

摘      要：亚洲栽培稻分为籼稻(hsien或indica)和粳稻(keng或japonica)两个亚种。基于籼-粳稻叶绿体DNA(cpDNA)的PstⅠ-12片段ORF100区域的序列差异,即籼稻cpDNA的ORF100区域缺失69 bp的碱基片段,建立籼-粳稻亚种鉴定方法。本文选择典型的籼稻谷(米)样品(台籼11号)和粳稻谷(米)(东北珍珠大米)进行叶绿体DNA(cpDNA)PstⅠ-12片段的ORF100区域DNA的SYBR-Green实时荧光PCR扩增和测序,在籼-粳稻2个PCR产物序列比对的基础上,设计正向引物4条(F1-F4)、反向引物3条(R1-R3),组合成12对引物进行优化筛选,选出F4R1引物对。在粳稻样品中,检出cpDNA PCR产物片段长度为204 bp(非缺失型),荧光PCR扩增熔解温度Tm值为78.00;在籼稻样品中,检出cpDNA PCR产物片段长度为135 bp(cpDNA缺失型),荧光PCR扩增熔解温度Tm值为76.50。建立了籼-粳稻亚种SYBR-Green实时荧光PCR鉴定方法。基于上述实验结果,选择国内多个省份的典型籼/粳稻品种与籼/粳型杂交稻组合共538个,对该籼粳稻米亚种鉴定方法进行验证。在177个粳稻及粳型杂交组合样品中,cpDNA荧光PCR熔解温度Tm值为78.00的样品170个,与粳稻符合率为96.05%,Tm值为76.50的7个样品,不符合率为3.95%;在361个籼稻及籼型杂交稻样品中,Tm值为76.50的样品331个,与籼稻符合率为91.69%,Tm值为78.00的30个样品,不符合率为8.31%。本方法只检测一个遗传稳定的细胞质叶绿体DNA位点,用于籼-粳稻米的亚种鉴定,简便高效,准确率高。

主 题 词：籼稻 粳稻 叶绿体DNA SYBR-Green荧光PCR 鉴定 

学科分类：09[农学] 0901[农学-植物生产类] 

馆 藏 号：203993347...