油菜蔗糖转化酶基因的电子克隆和生物信息学分析

作     者：苏宁 杨万年 SU Ning;YANG Wan-nian

作者机构：华中师范大学生命科学学院湖北武汉430079 

基　　金：国家自然科学基金(31270316)项目资助 

出 版 物：《生物信息学》 (Chinese Journal of Bioinformatics)

年 卷 期：2013年第11卷第3期

页      码：224-232页

摘      要：运用电子克隆技术获得油菜中一个蔗糖转化酶基因cDNA序列,同时根据此段序列设计引物以油菜cDNA为模板进行扩增,经测序得到证实。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、基本理化性质、跨膜结构域、信号肽导肽、疏水性/亲水性、二级结构、亚细胞定位等方面进行了预测和分析。结果表明:该基因cDNA序列长度为2 150bp,包含一个1 779bp开放阅读框,编码592个氨基酸;该编码蛋白含有蔗糖转化酶的多个典型的保守结构域。同源比对分析显示,该基因编码的氨基酸序列与拟南芥等植物的蔗糖转化酶基因具有高度的相似性,进一步确定该蛋白为蔗糖蛋白酶。研究结果为该基因进一步的实验克隆,表达分析,功能鉴定奠定基础。

主 题 词：油菜 蔗糖转化酶基因 电子克隆 生物信息学 

学科分类：0710[理学-生物科学类] 07[理学] 08[工学] 09[农学] 071007[071007] 0901[农学-植物生产类] 0836[0836] 090102[090102] 

D　O　I：10.3969/j.issn.1672-5565.2013.03.11

馆 藏 号：203996544...