摘要：三维结构模体，常是蛋白质中离散残基片断组成的功能性子结构，传统的序列依赖结构比较方法无法对其搜索。本文采用序列无关的结构比较算法，实现了搜索程序。经多例测试，证明本程序是快速和良好的识别三维结构模式的工具。

摘要：在基于靶蛋白结构的多肽分子设计中，药效假说是从头设计方法的基本前提。虽然该假说是否成立已有不少议论，但尚未见到系统分析的报道。通过对８ 个蛋白质复合物界面做了氨基酸模拟图谱，并从模拟图谱的结构偏差与能量分量的关系，对药效假说的适用条件进行了讨论。同时也给出一个ＨＩＶ－ １ 蛋白酶及抑制剂复合物的功能图谱。从所得结果来看，药效假说在以氨基酸为药效基团时，尽管不少情况下仍然有效，但不是普遍成立的。

摘要：利用活性位点嫁接设计新的功能蛋白质的方法需要功能模体和蛋白质骨架两种构件。出于活性位点嫁接的需要，我们构建了一个蛋白质骨架库，且提供搜索与功能模体相配骨架的工具及其评估方法。并用两个活性位点的嫁接进行了检验。

摘要：用一维序列模体和三维结构模体刻画与识别蛋白质功能区是蛋白质功能预测和分子设计中的重要课题．目前三维模体的提取与搜索均以残基为单位进行，特异性有限．鉴于残基的功能基团才是其发挥功能的关键要素，提出以功能基团为单位来表征三维模体（称为功能基团三维模体），并发展了相应的搜索算法，用于阐释蛋白质功能的结构基础以及预测未知蛋白质的功能．以从胰蛋白酶（ＰＤＢ代码为１ｍｃｔ）中提取的“三联体和氧穴”功能基团三维模体及其搜索为例，在整体结构极不相似的胰蛋白酶。枯草杆菌蛋白酶和α／β水解酶中均搜索到了此功能基团三维模体，为三者具有相似催化机制提供了解释．对一些具有“变异三联体”的酶亦能用此功能基团三维模体给予识别．对蛋白质结构库的搜索结果充分展示了其在功能预测中的应用．与其他三维模体搜索及序列模体搜索的结果相比较表明，功能基团三维模体是蛋白质功能区的更好的表示，在蛋白质功能预测中有更高的灵敏度。

摘要：蛋白质工程是一门旨在设计和构建蛋白质的多学科交叉技术。它的目标是:(1)按照工业、农业和医药的特殊要求修饰现有的天然蛋白;(2)合成兼顾二个天然蛋白的性质的嵌合蛋白;(3)构造自然界没有的全新特异蛋白。这些工作的许多方面自然界都曾经做过,然而它是在漫长的生物演化过程中由随机突变的宏观选择造化万物的。近十年来,基因工程和计算机技术的飞速发展,加快了蛋白质工程的步伐。重组DNA方法和定位诱发突变技术,已经成为研究酶作用机制、蛋白质折叠—展开路径、

摘要：生物信息学正成为当今信息时代备受关注的新型产业的支撑点。从目前美国、欧洲与日本的发展态势来看,它已成为崭新的生物工程、医药产业和高科技农业的巨大推动力。甚至有好几位世界著名科学家预言,现今的生物科学在信息学的结合和推动下,将会发生前所未有的飞跃。美国的大学、研究所和产业界纷纷成立各种生物信息饥构,不惜重金招聘这方面的人才。