摘要：目的评估全球范围内大规模高通量测序技术的应用对临床病毒学的定量影响。方法分别收集美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)2000-2018年如下记录:每年新增全基因组病毒记录数量;每年新增病毒发现文章数量;每年新增病毒准种文章数量;每年新增病毒感染基因标志物文章数量。然后应用中断时间序列法分析上述记录的变化趋势。结果自2008年全球测序中心开始从Sanger法转向使用高通量测序技术以来,各记录每年新增数量分别是使用之前的3.755倍,2.760倍,6.195倍以及3.885倍。各记录长期变化趋势如下:全基因组病毒记录数量每年新增1639.991条(P<0.001);病毒发现文章数量每年新增83.091篇(P<0.001);病毒准种文章数量每年新增2.509篇(P<0.001);病毒感染基因标志物基因感染签名文章每年新增30.836篇(P<0.001)。结论2008年全球测序中心开始应用高通量测序技术,测序成本不断降低,使得高通量测序技术在临床病毒学的应用中日益丰富,对临床病毒学的发展产生了积极深远的影响。

摘要：目的 克隆并分析HIV-1B/C重组型外膜蛋白env基因序列,根据其氨基酸序列进行表型预测,为疫苗的抗原设计奠定基础.方法 采集北京地区HIV-1 B/C重组型的抗凝全血标本,分离血浆和提取基因组DNA,采用巢式PCR方法扩增rev-env基因,对扩增产物进行序列测定.根据核苷酸序列推导出相应的氨基酸序列,并对重要的Env功能结构域进行深入的分析和比较.结果 从12例B/C重组型HIV-1感染者中成功克隆到7个rev-env基因,序列分析发现其中6个有完整的开放读码框（ORF）,全部为CRF_07B/C重组型.6个Env蛋白氨基酸N糖基化位点和数目没有显著变化;CD4受体结合位点高度保守;根据V3环氨基酸序列及静电荷数目预测全部使用CCR5辅助受体;GP120/GP41剪切位点高度保守,预测所有GP160前体都能有效剪切;对几个已知中和抗体的中和位点分析推测全部的6个序列都对2G12、2F5中和不敏感;对4E10、PG9及PG16中和敏感.结论 有必要进一步阐明env基因型与相关功能的关系,这将为疫苗和药物研究提供依据.

摘要：目的建立一种实时荧光逆转录重组酶介导的等温扩增(reverse transcription recombinase-aided amplification,RT-RAA)技术检测寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)的方法,以实现ZIKV的现场快速筛查及诊断。方法通过基因组序列比对,选择ZIKV保守序列设计RT-RAA特异性引物和探针,并用系列稀释的ZIKV重组质粒与毒株核酸验证方法的灵敏性与重复性,通过检测登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒等其他虫媒病毒验证方法的特异性。结果建立的RT-RAA方法可在39℃恒温条件下30 min内对ZIKV进行高效扩增,检测系列稀释的ZIKV重组质粒,其95%检测限可达到15拷贝/反应,特异性强,与登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒虫媒病毒无交叉反应,且重复性好。结论本研究建立的ZIKV的RT-RAA等温扩增方法,具有反应迅速,无需精密仪器,操作简单等优点,适合于应急快速检测。