摘要：目的获得EV71P1保守氨基酸序列COBRA EV71 P1和基于此序列的B细胞抗原表位预测信息。方法从NCBI(http://***/)上下载获取1970-2010年间世界各地暴发流行的包含P1或VP1基因片段的EV71源序列和对应的氨基酸序列,根据VP1基因片段信息构建系统进化树,对源序列进行基因分组;对多基因型的EV71 P1氨基酸源序列采用多序列比对,以优势氨基酸位点代替差异氨基酸位点的方法,获得EV71 P1保守序列(COBRA EV71 P1),并运用IEDB Analysis Resource (http://***/main/)在线预测工具和DNASTAR软件里的Protean模块,运用单参数和二级结构预测综合考虑的方法,对COBRA EV71 P1前体蛋白的B细胞抗原表位进行预测。结果成功比对出COBRA EV71 P1氨基酸序列,预测结果发现在COBRA EV71 P1前体蛋白的第10-24,41-60,68-82,208-225,328-345,498-514,592-609,664-678,772-786和841-855位点均具有较好的亲水性、表面可及性、柔韧性和抗原指数,并且在二级结构上含有易形成抗原表位的无规则卷曲和β-转角,有可能是COBRA EV71 P1前体蛋白的优势表位。结论经生物信息学分析,推测COBRA EV71 P1可能具有三个基因型EV7 1P1前体蛋白的候选B细胞线性抗原表位,为EV71重组多表位疫苗设计和多基因型病毒样颗粒疫苗实验提供了理论基础。

摘要：目的建立中国肠道病毒71型(EV71)全基因参照序列,为疫苗设计和分析碱基或(和)氨基酸变异进化规律提供参考。方法从NCBI/GenBank中获得来源于中国不同地区的EV71病毒株全基因序列,通过基因分型和序列比对,以相同位置出现频率最高碱基作为参照碱基建立序列。将获得的参照序列与国内外的参照序列进行比较,分析其全长序列及编码P1蛋白和VP1蛋白的核苷酸序列的相似性,并对结构蛋白区的氨基酸序列进行比较。结果中国已获得81株EV71C4基因亚型的全基因序列。这些毒株分离于1998-2010年,其中以2008年分离的最多,共45株(占55.6%);调查地区中,广东省分离的最多,共23株(占28.4%);通过序列比对获得了中国EV71C4基因亚型参照序列RSC4;RSC4与C4基因亚型的核苷酸和氨基酸的相似性最高,与A基因型的相似性最低。结论拟定的EV71C4基因亚型参照序列RSC4可以作为中国EV71C亚型参照序列。