摘要：试验选取贵州山羊4个群体(共55只),设计引物对其mtDNA细胞色素b基因片段进行测序,测序结果与GenBank报道的8个山羊品种mtDNA细胞色素b基因进行比对分析。结果发现,在55只贵州山羊中有11个变异位点,其中转换10次,T/G颠换1次;10种单倍型中有7种单倍型为1个群体独享,3种单倍型为多个群体共享。4个山羊类群间存在较近的亲缘关系,既是独立的类群,其间也存在基因交流,其中贵州黑山羊和贵州麻羊的亲缘关系最近,与贵州白山羊的亲缘关系次之,与贵州小香羊的亲缘关系最远。从山羊品种间遗传距离构建的邻接树可见,贵州4个山羊类群均起源于镰刀状角羊骨羊。

摘要：试验选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种α-乳清蛋白(alpha-lactalbumin,LALBA)基因5′调控区及第1外显子部分序列总长1126bp。结果表明,LALBA基因5′调控区存在5个SNPs位点:T-114C、C-166T、A-225C、C-344T、T-778C,T-114C仅在务川黑牛表现多态性。生物信息学软件预测LALBA基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点导致11个转录因子结合位点消失,其中1个位于核心启动子区,产生5个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构发生明显改变,目标序列未发现CpG岛。

摘要：目的:旨在对不同牛种STAM1基因进行SNPs筛查,为地方牛种选种选育提供一定理论依据。方法:选取生长发育性状明显差异的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛2个牛种构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种STAM1基因第14外显子序列总长898bp。切胶回收后对PCR产物进行双向测序。结果:在牛STAM1基因中快速筛查到5个SNPs:A33C、C66G、C356T、T523A、T652C,其中A33C(Tyr→Ser)、C66G(Pro→Arg)、C356T(Glu→Lys)为错义突变,T523A为同义突变,T652C位于内含子区。贵州荷斯坦奶牛在T523A和T652C两个位点基因频率为1.000 0,而务川黑牛分别为0.673 0和0.810 6。生物信息学分析表明:突变前后STAM1的RNA二级结构和蛋白质二级、三级结构均有明显改变。结论:DNA池结合测序技术可快速筛选SNP位点,检测到STAM1基因第14外显子5个SNPs。

摘要：为遗传效应分析及CRP2基因对牛生长调控的功能研究奠定基础,选取生长发育性状差异明显的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CRP2基因第6外显子序列和部分3’-UTR(总长724 bp),切胶回收后对PCR产物进行双向测序,进行不同牛种CRP2基因SNPs筛查。结果表明:在CRP2基因有7个SNPs:T20G,C22G,T151C,T285A,T-157C,G-145A,G-85A,包括3个新的SNP位点(C22G,T-157C,G-85A)。CRP2基因第6外显子编码区有2个SNPs,包含1个错义突变(C22G,Gly→Ala)和1个同义突变(T20G);CRP2基因3’-UTR有2个SNPs(T151C和T285A);CRP2基因内含子区有3个SNPs,分别为T-157C、G-145A和G-85A。T20G、C22G和T151C位点等位基因频率在不同牛种间有较大差异。突变前后CRP2的RNA二级结构和蛋白质二级结构有明显改变,蛋白质三级结构无明显差异。

摘要：为研究牛CSN1S1基因启动子多态性,选择产奶性能差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CSN1S1基因5'调控区及第1外显子部分序列总长1035bp。结果表明:CSN1S1基因5'调控区存在3个新SNPs位点:G-531A、C-706T、T-761C,2个牛品种在各位点表现出不同多态性特征。生物信息学软件预测CSN1S1基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点造成核心启动子区2个重要转录因子结合位点消失,而产生3个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构有明显改变,目标序列未发现CpG岛。研究结果为进一步确定CSN1S1启动子功能奠定实验基础。

摘要：根据GenBank中报道的猪载脂蛋白A5(apoA5)基因序列设计3对引物,通过PCR方法分别对可乐猪和贵州白香猪的apoA5基因进行扩增、测序,将2个猪种apoA5基因序列进行比对,并找出基因变异位点。结果表明:可乐猪apoA5基因DNA长为2474bp,白香猪apoA5基因DNA长为2473bp,分别包含3个外显子,2个内含子。2个猪种apoA5基因编码区长皆为1092bp,编码363个氨基酸。白香猪apoA5基因序列与可乐猪相比,存在12个突变位点,其中6个位点为颠换,5个为转换,1个为缺失,两者核苷酸同源性为99.6%。这为进一步研究猪apoA5基因的多态性、生物学活性以及与猪生产性状相关性研究奠定了一定基础。

摘要：为了更好地保护和开发利用威宁绵羊这一优良地方品种,本试验利用威宁绵羊构建DNA池,设计8对引物扩增威宁绵羊GHR基因外显子及部分内含子序列。将PCR产物纯化并进行双向测序,通过DNAStar和BLAST等生物软件分析确定SNP位点。利用生物信息学软件分析SNPs对GHR基因的m RNA二级结构的影响、生长激素受体二级和三级结构的改变。结果表明,在扩增的GHR基因中筛选到4个SNPs:Exon1-C^(112)T、Exon4-C^7T、Exon8-A^(27)T、Intron4-C^(27)T,其中Exon8-A^(27)T为错义突变,导致编码的异亮氨酸(Ile)变为苯丙氨酸(Phe);Exon1-C^(112)T和Exon4-C^7T位点对其编码的氨基酸没有影响,是同义突变;Intron4-C^(27)T在内含子区,不参与氨基酸编码。本研究将为更好地保护和开发利用威宁绵羊提供一些参考。

摘要：以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。

摘要：为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(SNP)位点,应用SPSS 18.0软件分析SNP位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17~19内含子区共发现3个SNP位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 G>T、g.18853600 A>G突变位点和19外显子上的g.18853848 C>T突变位点;3个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 C>T突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(PT突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。

摘要：为给贵州本地绵羊选种选育提供更好的科学依据,本试验利用威宁绵羊和贵州半细毛羊构建DNA池,设计4对引物扩增其STAT5b基因部分外显子及内含子序列。PCR产物经纯化后进行双向测序。利用DNAStar和BLAST分析确定多态性位点。利用生物信息学软件分析SNPs位点对STAT5b基因RNA二级结构、STAT5b蛋白二级及三级结构的影响。结果表明,在扩增的STAT5b基因中筛选到6个SNPs:exon5-G12A、exon8-G56A、exon8-C104T、intron2-A3164C、intron4-C1026T和intron5-T3323C,其中exon8-G56A为错义突变,导致编码的谷氨酸(Glu)变为赖氨酸(Lys);exon5-G12A和exon8-C104T多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变;intron2-A3164C、intron4-C1026T和intron5-T3323C均在内含子区,不参与氨基酸编码。