摘要：目的:将抗栓肽34位的丙氨酸突变为色氨酸,构建活性较高的突变体。方法:通过设计合成两对引物经PCR获得抗栓肽突变体基因,利用质粒pET32a(+)作为载体,在大肠杆菌BL21(DE4)内表达。利用融合蛋白本身的组氨酸标签,以金属亲和色谱进行纯化,然后用肠激酶切除融合部分,所得蛋白用体外抗血小板凝集实验检测其活性。结果与结论:抗栓肽突变体以可溶形式高效表达,活性检测显示其抑制二磷酸腺苷诱导的血小板聚集的IC50为150 nmol/L。与原型蛋白相比,突变体活性明显提高。

摘要：人鼻病毒(HRVs)是引起人类普通感冒的主要致病因素,并可导致严重的后遗症。3C蛋白酶是HRVs复制和感染中重要的必需蛋白酶,是目前抗病毒药物的重要选择性靶标。本文对3C蛋白酶的结构与功能及基于结构设计的3C蛋白酶抑制剂研究进展进行了简要概述。

摘要：胸腺五肽(TP5)是一种由5个氨基酸组成的抗肿瘤多肽(序列RKDVY),可以促进胸腺成熟,调节免疫,常用于癌症的辅助治疗。有研究表明C端存在R/KXXR/K结构的多肽可以与神经纤毛蛋白1(NRP1)识别和结合而具有肿瘤归巢和细胞内化特性,能够增强药物递送。为了增强TP5的肿瘤靶向性,增强抗肿瘤效果,本实验设计了TP5-RGDR融合肽,通过计算机模拟TP5-RGDR与神经纤毛蛋白1(NRP1)结合的情况,使用MOE软件分析发现C端增加了RGDR能够增强药物的靶向性,预测了其与NRP1结合的情况,并阐明了该肽段与受体相互作用的具体信息。TP5-RGDR的R9与NRP1的D48和K79形成氢键,R6与E76形成氢键,RGDR部分与受体活性区域产生广泛连接,使配体药物牢牢连接到NRP1。并且,作者构建的83种位点突变的对接结果显示,TP5-KGDR与NRP1同样具有广泛的相互作用,但是键能会在一定程度上降低;将R9替换为K9会大幅降低末端残基的活性;D8替换为E8是可以考虑的方向,TP5-RGER也满足C端规则,但对接整体打分降低;7号位的甘氨酸明显不适宜更改。本实验通过计算机模拟的方法,成功对接了TP5-RGDR和NRP1,预测到RGDR能够促进TP5深入到细胞内部,渗透到肿瘤组织内部。在分子水平探索了TP5-RGDR的增强肿瘤靶向的机理,所有这些结果为新型抗肿瘤药物的设计提供理论依据。

摘要：酸性成纤维细胞生长因子aFGF,也称肝素结合生长因子1(HBG1)或成纤维细胞生长因子1(FGF1)是成纤维细胞生长因子家族的重要成员,也是体内重要的有丝分裂原。aFGF和肝素及受体组成的复合物被认为是FGF1发挥生物效应的基础。肝素可调节FGF1与受体的结合。文章就FGF1与肝素结合的结构与功能及在此基础上进行合理药物设计进行了综述。

摘要：目的应用Plackett-Burman设计和球面对称设计实验,对酵母发酵生产谷胱甘肽的培养基进行优化。方法首先通过Plackett-Burman设计方法从10个因素中选择出对发酵产量影响较大的因素,即葡萄糖、酵母膏和半胱氨酸含量,然后用球面对称设计对这3个因素各取5个水平进行优化。结果最佳培养基组成为:葡萄糖23.64g/L,酵母膏29.07g/L,半胱氨酸1g/L,(NH4)2SO42g/L,蛋白胨5g/L,KH2PO41g/L,MgSO41g/L,NaCl2g/L。在优化条件下,发酵液中谷胱甘肽积累量可达162.3mg/L,比优化前产量提高约56.2%。结论证明用Plackett-Burman设计和球面对称设计寻求菌体积累谷胱甘肽的最佳培养基组分是可行的。

摘要：应用信息论方法和计算机模拟的方法,对IMP型β-内酰胺酶序列及活性中心进行分析,结果表明在配体结合部位的大部分残基是高度保守的,但也有部分残基易发生变异,如32位Pro、31位Val和163位Try,这些变异是引起该酶不同变异型对β-内酰胺类抗生素水解能力不同的重要原因,在设计抑制剂时需考虑在酶高变区附近分子的柔性,以防出现新突变型而对所设计抑制剂产生抗性。将酶和底物亚胺培南及青霉素G对接结果表明,底物与酶的结合自由能与酶的催化活性间有很好的相关性,可作为评估底物或酶抑制剂结合能力的重要评价指标。对接模型更细致地显示了酶中与底物相互作用的氨基酸残基,为酶抑制剂的合理设计奠定了基础。

摘要：《药物生物信息学》是一门新兴交叉学科,它对伴随人类基因组计划产生的海量生物信息进行整理和分析,然后将这些生物信息应用于药物设计和开发,以达到药物合理设计的目的。由于该课程涉及数学、药学、生命科学等多个学科,学生学习时难以完全理解,为此,我们探索并实施了基于问题的教学法,通过引导学生提出问题和解决问题,在具体实践中激发学生的学习兴趣和主观能动性,取得较好的教学效果。

摘要：HIV进入抑制剂主要干预病毒包膜与靶细胞膜融合过程,可有效预防HIV感染。在HIV进入细胞过程中,HIV包膜糖蛋白gp120首先与宿主细胞膜上的CD4分子结合,使gp120构型变化,继而与CCR5或CXCR5等辅助受体结合,诱使跨膜亚基gp41构型改变,HIV包膜与细胞膜空间靠近,最终融合。基于这一过程,可通过筛选与gp120结合的化合物、设计CD4模拟物、研制CD4或CCR5单抗、构建辅助受体抑制剂等方法,从各个方面干预HIV的进入。对HIV进入抑制剂的靶标和药物研发进展进行概述。

摘要：金属β-内酰胺酶属于B型β-内酰胺酶家族,该酶中含有1个或2个金属锌离子,且该金属离子为酶发挥其催化活性所必须。利用分子模拟技术研究该酶时,综合运用量子力学和分子力学(QM-MM)的方法能较好的实现模拟过程中对金属离子及其相关的氨基酸残基精确计算的要求。综述近年来国内外运用量子力学和分子力学方法研究金属β-内酰胺酶的资料,分析了QM-MM方法在该酶研究中应用实例。通过分子模拟的手段有望指导酶抑制剂的设计及新药的开发。

摘要：抗栓肽(Decorsin)是糖蛋白Ⅱb-Ⅲa(GPⅡb-Ⅲa)的强拮抗剂,能抑制血小板聚集。实验通过设计两对引物,经PCR获得抗栓肽的结构基因,并将基因插入原核表达载体pET32a硫氧还蛋白(TrxA)的下游。将重组质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3),进行诱导表达,表达产物以可溶形式存在于胞内,占菌体总蛋白的35%。利用表达载体自身所带的His×6纯化标签,可将融合蛋白通过金属螯合亲和层析柱一步纯化,纯化的蛋白质经SDS-PAGE分析达到电泳纯。体外的抑制血小板聚集实验结果表明,融合蛋白具有显著的抑制ADP诱导的血小板聚集活性,抑制常数IC50为500 nmol/L。