摘要：为研究3种缬草SSR分子标记的差异,开发相应的引物用于缬草的鉴定及分子育种。本研究采用Excel和MISA软件对3种缬草转录组中SSR位点数据进行分析,利用Primer 3.0软件随机设计SSR引物,并进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证引物的有效性和SSR的多态性。结果显示,缬草Valeriana officinalis L.(VOL)、Valeriana officinalis *** Miq.(VOI)及Valeriana officinalis *** Linn.(VOO)的转录组数据分别包含29 462、40 840和29 280个序列总数(Unigene),这些Unigene分别包含7 515、8 046和7 330个SSR位点。3种缬草的SSR位点的发生频率为25.50%、19.71%、25.05%,平均距离为4.16 kb、4.20 kb、4.22 kb。SSR单碱基重复基元的主要类型为A/T型,占SSR总数的41.76%、41.30%、38.50%。VOL、VOI、VOO 3种缬草的独有重复基元数量分别是44种、45种、25种。随机设计的引物扩增SSR的有效率为77.78%,具有SSR高多态性的引物占比55.56%。总之,3种缬草的SSR位点具有分布密度高、出现频率高、重复基元类型多等特点,多态性好,可为3种缬草后续的鉴定及分子育种提供理论依据。