摘要：目的应用高通量二维PCR技术(2D-PCR), 建立一种单管一步法检测和鉴定宫颈细胞中16种高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)亚型(HPV16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、68、73、82)、p53(rs1042522)和RB1(rs3092905)基因型的方法。方法根据16种不同亚型HR-HPV、p53及RB1基因DNA序列设计特异性引物, 同时将待测靶基因p53及RB1基因作为评判标本取样及PCR扩增成功与否的内参基因。在3个荧光检测通道中, 采用相应标签标记不同亚型HR-HPV、p53及RB1的上游引物, 并构建完善的2D-PCR检测体系。应用该方法检测804份来源于常州市第一人民医院2022年12月至2023年8月妇科门诊的宫颈刷样本, 将检测结果与PCR-反向点杂交法、流式荧光杂交法、单重实时荧光定量PCR法分别进行一致性比较;同时采用Sanger测序法检测p53和RB1的基因型。采用Kappa检验评价2D-PCR法和其他方法间的一致性。结果 2D-PCR可通过FAM、HEX和Alexa Fluor568通道的特征性熔解谷对16种HR-HPV型别和p53、RB1的基因型进行准确区分和鉴定。2D-PCR法与PCR-反向点杂交法具有较高的一致性(Kappa=0.699), 与流式荧光杂交法具有更高的一致性(Kappa=0.793), 和单重荧光定量PCR法的一致性Kappa=0.880(95%CI 0.862~0.907)。以Sanger测序法为金标准, 2D-PCR法检测p53、RB1基因型的准确度为100%。p53 rs1042522 位点3种基因型(G/G型、G/C型和C/C型)的分布频率为32.09%(258/804)、49.88%(401/804)和18.03%(145/804), RB1 rs3092905位点检出基因型均为A/A型。结论成功开发了一种2D-PCR方法, 用于高危型HR-HPV型别鉴定与宫颈癌相关肿瘤抑制基因p53和RB1的基因分型。

摘要：目的 建立单管检测人维生素D受体（VDR）及甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）基因的双重实时荧光定量聚合酶链反应（dual real-time PCR）的方法。方法 以GAPDH基因为内参,采用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物及Taq Man探针,进行PCR扩增检测VDR基因。将VDR及GAPDH扩增产物片段纯化后克隆构建成重组质粒,作为定量检测基因表达的标准品,并用于分析该方法的灵敏度和重复性。结果 PCR扩增产物经测序分析证实为VDR及GAPDH特异性片段;该方法检测VDR与GAPDH灵敏度达40拷贝/μL;线性范围为4.00×10~1~4.00×10~5拷贝/μL;决定系数R2分别为0.998、0.999;扩增效率E分别为96.10%、85.15%;批内变异系数（CV）分别为0.09%~1.21%、0.35%~0.88%;批间CV分别为0.17%~0.51%、0.51%~2.46%。结论 成功建立了单管检测人VDR及GAPDH的双重实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好、灵敏度高、可快速高通量检测VDR的相对表达量,有效缩短时间,减小实验误差。

摘要：目的建立新型的载脂蛋白M(apolipoprotein M,apo M)基因敲除小鼠的鉴定方法。方法根据荧光PCR原理,分别设计野生型和敲除型apo M基因的引物和探针,并通过6-羧基荧光素(FAM)和3H-吲哚菁染料(CY5)双荧光通道的扩增曲线判断小鼠的基因型。结果野生型小鼠仅在FAM通道有扩增曲线,敲除型小鼠仅在CY5通道有扩增曲线,杂合型小鼠则在FAM及CY5通道均有扩增曲线。结论建立的实时荧光定量PCR法经济、快速、简单、准确、易判断,适用于小鼠apo M基因型的鉴定。

摘要：目的建立一种双重荧光实时PCR鉴定B族Ⅰ型清道夫受体(SRBⅠ)基因敲除小鼠的方法。方法提取小鼠尾尖DNA,应用自行设计的鉴定野生型和敲除型SRBⅠ基因的引物和探针,经PCR扩增后,在FAM通道及CY5通道判断小鼠基因型。同时应用基因测序技术对结果进行验证,并构建质粒标准品分析该方法的灵敏度和重复性。结果仅在FAM通道出现典型S型扩增曲线的为SRBⅠ基因野生型小鼠,仅在CY5通道出现典型S型扩增曲线的为SRBⅠ基因敲除型小鼠,在两个通道都出现典型S型扩增曲线的为SRBⅠ基因杂合型小鼠。结果与DNA测序法吻合,检测野生型和突变型的灵敏度均达4×101拷贝/μL。结论新方法简单、快速、准确,适用于分型SRBⅠ基因敲除小鼠。

摘要：目的:建立单管检测肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和内参GAPDH mRNA表达水平的双重荧光实时定量PCR方法。方法:脂多糖刺激小鼠巨噬细胞Ana-1后提取细胞RNA,经反转录合成c DNA,应用自行设计的不同荧光标记的TNF-α和GAPDH引物探针,经PCR扩增后,在FAM通道和CY5通道分别读取Ct值,同时应用基因测序技术对结果进行验证,并构建质粒标准品分析该方法的灵敏度和重复性。结果:双重荧光实时定量PCR法检测TNF-α的灵敏度达4×101拷贝/μL,检测线性范围可达6个数量级,批内和批间重复性好。结论:新方法消除了目的基因与内参的加样误差,节约成本,快速准确,适用于TNF-αmRNA的定量检测。