摘要：从转录组测序数据中筛选重复次数较多、两翼序列较长的简单重复序列用于多态性EST-SSR标记的筛选,利用荧光标记SSR技术分析太湖、长江下游(崇明岛附近)、微山湖和东平湖4个地理群体日本沼虾的遗传多样性。从日本沼虾转录组测序数据中选择546个cDNA序列,设计了60对引物,有33对能扩增出稳定、清晰的条带,其中12对呈现出良好的多态性。这12个多态性微卫星标记的等位基因数为3~7,观测杂合度为0.1724~0.9630,期望杂合度为0.1942~0.8462。群体遗传多样性分析结果显示,微山湖群体的平均期望杂合度和观测杂合度最高,分别为0.8403、0.8350;东平湖的次之,为0.8350、0.7854;长江下游群体的最低,为0.7145、0.7909。由此可见,北方2个群体的遗传多样性要高于南方2个群体。4个日本沼虾群体的分子方差分析显示,东平湖群体与长江下游群体、微山湖群体与长江下游群体的遗传分化指数介于0.05~0.15,达到中等分化程度。聚类分析显示,微山湖和东平湖群体聚类为一支,再先后与太湖群体、长江下游群体(崇明岛附近)聚类,这与各日本沼虾群体实际的地理距离吻合,反映出日本沼虾的生物地理进化关系。