摘要：基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交高性能计算作业高效利用网格中的各种硬件、软件资源,浏览器端GridMol提供图形化的计算化学前、后处理功能,如蛋白质可视化和分子建模处理。GridMol基于Java和Java3DAPI设计实现,系统具有跨平台和网络运行等优点,目前GridMol已集成在中国国家网格(CNGrid)平台上。

摘要：随着化学计算和计算机技术发展,越来越多的软件被开发出来应用于化学计算、分子可视化、分子建模及化学数据库检索等领域,如何有效整合不同的化学软件为用户提供一个既可用于化学计算前后端处理又可与远程计算软件交互的平台,成为计算化学应用研究的一个热点领域。基于网格计算思想,本文提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统,为计算化学家提供分子建模、科学计算及分子信息可视化一站式服务。在分子可视化方面GridMo1提供多种模式显示多种类分子三维结构,查看分子参数信息及分子计算结果信息;在分子建模方面,GridMo1提供修改分子参数数据、添加原子/基团构建新分子的功能;GridMol同时被设计为网格计算的一个应用前端,为用户提供计算作业提交功能。目前GridMol已经成功部署在中国国家网格中,作为一个完整的计算平台提供分子建模、分子可视化软件及计算作业提交服务。GridMo1采用Java和Java 3D编码实现,具有高度的可扩展性和跨平台性。同时GridMol既可作为一般的单机应用程序使用,也可作为applet部署在web服务器上,然后用户通过浏览器访问使用。