摘要：为了解致汗血马马驹呼吸道疾病的病原,本研究采集新疆乌鲁木齐市南山某汗血马马场82份汗血马的鼻拭子样品(包括4匹患呼吸道疾病的汗血马马驹、6匹健康汗血马马驹和72匹成年健康汗血马),经处理鼻拭子样品、提取病毒RNA、反转录、经PCR扩增及产物纯化后由公司进行高通量测序和宏病毒组学分析。结果显示,与健康马相比,患病马驹鼻拭子样品核酸有1 050条reads注释到马疱疹病毒2型(Equid herpesvirus-2,EHV-2)gB基因,且与EHV-2参考株g B基因序列同源性为91.0%~99.3%,初步表明患病马驹鼻拭子样品携带EHV-2。为验证病毒组学结果,参照EHV-2 G9/92(KM924294)gB基因序列,设计引物,经PCR扩增82份汗血马的鼻拭子样品。PCR结果显示患呼吸道疾病马驹鼻拭子样品均扩增出了EHV-2 gB基因片段,EHV-2阳性率为100%(4/4),而健康马驹和成年汗血马鼻拭子样品均呈阴性结果(0/78),表明EHV-2可能与马驹呼吸道疾病有关。同源性分析结果显示,4株EHV-2之间g B基因和氨基酸序列的同源性分别为94.1%~100%和92.0%~100%,与英国、波兰、瑞士、德国和澳大利亚参考株g B基因和氨基酸序列同源性分别为91.0%~99.3%和89.6%~98.2%。gB氨基酸序列遗传进化分析显示,4株EHV-2与波兰、英国参考株处于同一分支,亲缘关系较近。氨基酸位点分析结果显示,4株EHV-2 g B基因编码氨基酸序列均有一些位点发生了突变,主要位于gB蛋白羧基端,表明4株EHV-2 gB基因具有遗传变异多样性。本研究首次在国内马匹中检测到EHV-2,为EHV-2感染致马驹呼吸道疾病的防控及其流行病学研究提供基础数据。

摘要：为了解伊犁马携带病毒的类型,本研究利用高通量测序技术检测伊犁昭苏县142份伊犁马马驹鼻拭子样品。病毒组学分析显示,伊犁马马驹鼻拭子样品携带人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus,HCMV),根据注释到的HCMV UL126基因序列,设计特异性引物,对样品进行PCR检测。结果显示,伊犁马马驹鼻拭子样品HCMV阳性率为7%(10/142),进一步调查显示伊犁马流产胎儿肺组织样品中该病毒阳性率为57%(53/93),表明该病毒感染伊犁马。另外,研究表明马场工作人员HCMV阳性率为37.5%(15/40),且大部呈HCMV阳性马驹和流产的妊娠母马都和HCMV阳性工作人员有密切接触史,提示马源HCMV可能来源人。核苷酸同源性分析显示本研究鉴定的马源和人源HCMV UL126基因的核苷酸序列同源性为99.6%~99.8%,与国外人源HCMV UL126基因的核苷酸序列同源性为97.8%~100%。遗传进化树分析显示本研究鉴定的HCMV与美国人源HCMV亲缘关系较近。本研究首次鉴定马源HCMV,为其致伊犁马流产防控和动物源HCMV流行病学调查奠定基础。

摘要：采集乌鲁木齐某马术俱乐部226匹纯血马鼻拭子样品,用高通量测序检测纯血马携带病毒多样性,结果宏病毒组学分析共产生73664946条reads,有16067条reads(0.022%)注释为哺乳动物病毒,其中105条reads注释到马疱疹病毒5型(EHV-5)gH基因。根据GenBank中的EHV-5参考株2-141/67 gH基因序列,设计特异性引物,验证宏病毒组学结果,并对gH基因的氨基酸序列进行遗传进化分析。结果14匹健康纯血马鼻拭子样品呈EHV-5阳性,阳性率为6.2%(14/226),序列分析表明,鉴定的14株EHV-5 gH基因的核苷酸和氨基酸序列与澳大利亚、意大利及日本分离株gH基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.4%~100%和90.3%~100%。遗传进化分析显示我国14株EHV-5与澳大利亚2-141/67和EHV-5.2-141株亲缘关系较近,而与意大利glycoprotein H株、日本16-I-1064和1-I-790株处于不同分支。

摘要：为了解新疆北疆地区旅游骑乘马携带人乳头瘤病毒(HPV)的类型,本研究利用高通量测序技术检测北疆伊犁地区52匹纯血马、昌吉市100匹纯血马和乌鲁木齐市30匹汗血马鼻拭子样品携带HPV的类型。病毒组学分析显示,马鼻拭子携带HPV 23型(HPV-23)。根据注释到的人源HPV-23 E2基因序列,设计特异性引物,对样品进行PCR检测并测序后分析HPV E2基因的同源性及遗传进化关系。结果显示,乌鲁木齐市汗血马鼻拭子样品HPV-23阳性率为16.7%(5/30),伊犁地区和昌吉市纯血马鼻拭子样品HPV-23阳性率分别为2%(1/52)、1%(1/100),表明旅游景区骑乘纯血马和汗血马携带HPV-23,携带病毒阳性率与马匹品种有关。马源HPV-23 E2基因与国外人源HPV-23 E2基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为98.2%~99.4%、95.5%~99.1%,与马乳头瘤病毒(EcPV)E2基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为44.2%~55.1%、18.2%~29.4%。遗传进化分析显示马源HPV-23与国外人源HPV-23亲缘关系较近,而与EcPV处于不同分支,提示马源HPV-23可能来源于人。本研究首次检测到马源HPV-23,并对其E2基因进行遗传进化分析,为动物源HPV-23的流行病学研究提供了参考依据。

摘要：乳头瘤病毒(PV)是人畜共患的重要病原体。为调查北疆地区马携带的PV类型,本研究对北疆3个地区采集的205份马鼻拭子样品进行高通量测序和宏病毒组学分析,结果显示马匹携带人乳头瘤病毒124型(HPV-124)。根据HPV-124 E6基因序列设计引物,对800份各种临床样品经PCR检测HPV-124 E6基因,PCR结果显示,健康马鼻拭子样品中HPV-124的总阳性率为2.4%(4/168),存在呼吸道疾病的马鼻拭子中HPV-124的阳性率为100%(37/37),表明HPV-124可跨种感染马,且与呼吸道疾病密切相关;在纯血马和伊犁马流产胎儿胎盘、脐带样品中也检测到HPV-124,表明HPV-124可垂直传播,可能与马流产有关。另外,在多个马场工人鼻拭子中均检测到HPV-124,提示马源HPV-124可能来源于人。E6基因序列的同源性分析结果显示,本研究鉴定的2株人源和5株马源HPV-124 E6基因与美国HPV NJ3900株E6基因同源性均为100%,进一步表明马源HPV-124可能来源于人。采用最大似然法绘制E6基因的进化树,结果显示,本研究鉴定的马源HPV-124与人源HPV-124形成独立进化分支,均处于Beta-1进化分支。本研究首次在马体内扩增到HPV-124 E6部分基因序列,它与人源HPV-124同源性达100%,HPV-124可能会跨物种感染马,并导致感染马流产,该研究结果为动物源HPV-124的流行病学研究提供了参考依据。

摘要：乳头瘤病毒(PV)是人类和动物的一种重要病原体,具有严格的宿主特异性。已报道14种PV可以感染马,其中在我国新疆地区发现马携带马乳头瘤病毒1型(EcPV-1)、人乳头瘤病毒18型(HPV-18)和HPV-23。为进一步调查新疆地区马匹携带PV的类型,本研究利用高通量测序和病毒宏基因组学技术检测伊犁、昌吉3个规模化马场和乌鲁木齐1个马术俱乐部395份样品(205份鼻拭子、140份粪便样品及50份马流产胎儿肺组织样品)携带PV的类型。病毒组学分析显示,马可能携带HPV-115。根据注释到的HPV-115 E6基因序列,设计特异性引物,对所有马及人鼻拭子样品进行E6基因的PCR检测,结果显示,伊犁地区B场马鼻拭子样品中的HPV-115阳性率为7.3%(6/82),其他马场及马术俱乐部的纯血马和汗血马均为阴性,表明HPV-115可以跨种感染马。另外该病毒在B场马流产胎儿肺组织样品中的阳性率为46%(23/50),表明马感染HPV-115可能导致流产。进一步调查显示,HPV-115在马场工人和有阳性马场接触史的人群鼻拭子样品中的阳性率为59.5%(25/42),而无马匹接触史人员鼻拭子样品则呈阴性(0/20),表明该马源HPV-115有经马感染人的风险。同源性分析结果显示本研究测序获得的11株HPV-115 E6基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.0%~100%、98.1%~100%;与人源HPV-115参考株GC02 E6基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.4%~99.0%、97.1%~99.0%;与EcPV E6基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为32.4%~43.8%、34.6%~45.4%。E6基因的遗传进化分析显示本研究鉴定的11株马源和人源HPV-115形成独立进化分支。本研究首次报道HPV-115可能导致马流产,且其具备经马感染人的风险,该结果为马源HPV感染的防制提供了参考依据。