摘要：目的 建立一个在BGI-500RS和MiSeq测序平台均适用的微单倍型复合检测体系,评估此微单倍型体系在两个测序平台的检测效能。方法 针对100个微单倍型基因座设计扩增引物并优化复合检测体系,分别采用扩增后酶连接头的方法实现BGI-500RS和MiSeq双平台的文库构建,对11名个体DNA样本分别在两个平台进行测序。结果 本研究建立了一个包含100个微单倍型基因座的复合检测体系,该体系在BGI-500RS和MiSeq测序平台均适用。利用本体系在BGI-500RS和MiSeq平台检测11份样本,97%以上的基因座在两平台均可稳定检出。两个平台所有杂合子基因座的平均等位基因覆盖率都在0.7以上,说明基因座内均衡性良好。同一样本在两平台均检出的基因座的分型一致性达100%。结论 本研究建立了一个包含100个微单倍型基因座的复合扩增体系,该体系在BGI-500RS和MiSeq测序平台检测结果的均衡性、稳定性相当。相同样本在两个平台均检出的基因座分型完全一致,测序深度的差异源自测序平台的通量差异。

摘要：目的利用实验数据对法医学二代测序STR分型测序深度与分型结果准确度的关联性进行评估。方法使用商业化基因组DNA制备单一来源和混合的DNA样本,以Thermo Fisher公司的25重早期测试试剂盒进行目的STR片段扩增,每种扩增产物分别使用4种不同的序列标签平行建库,并控制标记每一种序列标签的文库上机量依次占一张Ion 318芯片的1/4、1/8、1/16、1/32。经Ion PGMTM基因测序仪测序,以及Ion Torrent SuiteTM软件进行数据分析;同时对庞敬博等人发表的基于相同试剂盒和测序仪检测的95名中国汉族无关个体的6928条等位基因、影子峰和噪音序列进行测序深度统计分析,寻找测序深度与STR分型准确度的关联性。结果各基因座测序深度随文库上样量减少而呈明显下降趋势。对于单一来源样本,每张芯片上样不超过8个均一化文库可实现全部基因座的完整分型;对于1∶20比例的混合DNA,每张芯片上样不超过4个均一化文库时,未发现微量组分的等位基因丢失。人群数据测序深度统计显示,该体系基因座间存在不均衡性,有必要针对各基因座分别设定分析阈值参数。结论测序深度与法医学STR分型结果的准确性密切相关,各基因座最低测序深度与平均测序深度的比值可作为设定分析阈值的重要参考指标。本研究确定的单张芯片上样数量仅适用于本实验体系,但相关实验设计和方案可供其他实验体系开展类似工作参考。

摘要：目的实现以荧光标记复合扩增产物为扩增模板的STR序列多态分型。方法筛选常用STR分型试剂盒基因座并设计引物,构建常染色体STR复合扩增体系。分别以毛细管电泳(CE)试剂盒GlobalFilerTM、PowerPlex?21和IdentifilerTM Plus的扩增产物为模板,扩增、建库测序及数据分析,评估体系分型准确性及对CE扩增产物的通用性,并与Precision ID GlobalFilerTM NGS STR Panel体系进行比较。结果该复合扩增体系能够从3款CE试剂盒的扩增产物中获得所有基因座的正确分型和序列多态信息,其体系均衡性和杂合子均衡性亦良好,且均优于Precision ID体系。结论该复合扩增体系建立了CE技术与二代测序技术之间的桥梁,实现了检材的零利用,能够进一步挖掘荧光标记扩增产物的STR序列多态信息,是对现有技术的提升和有效补充。