摘要：【背景】韭菜迟眼蕈蚊是我国重要的农业害虫,然而它的遗传资源有限。本研究旨在开发韭菜迟眼蕈蚊EST-SSR标记,为研究不同地区的韭菜迟眼蕈蚊种群结构和遗传多样性奠定基础。【方法】从韭菜迟眼蕈蚊的表达序列标签（EST序列）中设计16对简单重复序列（SSR）引物,进一步筛选出9对具有多态性的SSR引物。【结果】从42095条unigene中确定了3383个SSR位点。利用查找到的SSR位点共设计出16对引物,进一步检测筛选发现9对引物具有多态性,引物的每个位点平均有3.33个等位基因。利用9对引物对30头韭菜迟眼蕈蚊进行检测,共获得30个等位基因,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.6875和0.0370-0.6877;其中,9个位点中有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。【结论与意义】本研究成功从迟眼蕈蚊EST序列中筛选出9个具有多态性的微卫星位点,这为进一步分析该害虫种群的遗传结构和遗传多样性奠定了基础。