摘要：通过分子动力学模拟研究了MMP-2和hydroxamate抑制剂之间的作用模式.在分子动力学模拟中,对于催化区的锌离子和其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型.从模拟的结果可以看到,R1取代基和MMP-2的S1疏水口袋中的部分残基能形成很好的几何匹配,从而可以产生很强的范德华和疏水相互作用.模拟结果也表明,两个抑制剂和MMP-2之间分别能形成5个和8个氢键,抑制剂B比A活性更高的原因就是能够形成更加有利的氢键作用模式.在整个模拟过程中,催化锌都能保持好的五配位形式,配位键的长度也处于稳定的状态.预测得到的MMP-2和其抑制剂的相互作用模式对于全新抑制剂的设计提供了非常重要的结构信息.

摘要：作为一种重要的启发式优化算法 ,遗传算法在计算机辅助药物分子设计中得到了广泛的应用。本文介绍了遗传算法的基本概念以及工作原理 ,同时结合作者科研组的工作 ,就遗传算法在定量构效关系、构象分析、药效团模拟。

摘要：采用基于线性响应近似的自由能计算方法计算了一类hydroxamate抑制剂和MMP 2的绝对结合自由能 .计算中 ,催化锌离子和MMP 2以及配体之间采用了非键模型 .分子动力学模拟结果显示 ,采用非键模型时 ,催化Zn离子采用五配位的形式 ,但配位键的形式和初始结构比较有很大的差别 .通过拟合 ,分别得到了单参数、双参数以及三参数的自由能预测模型 ,其中 ,含有常数校正项的三参数模型具有最佳的预测能力 ,预测自由能和实际自由能之间平均绝对误差仅为 2 .38kJ/mol.

摘要：用自由能微扰方法(FEP)计算了两种hydroxamate类的抑制剂和MMP-3的相对结合自由能.在计算中,对于催化区的锌离子与其共价结合的配体(包括抑制剂和组氨酸)采用了键合的模型,抑制剂和周围配体的部分电荷的计算采用两步静电势收敛方法.自由能计算采用了慢增长(Slow growth)和固定窗口增长(Fixed width window growth)两种方法,并且在每次计算中都采用了双向采样(Double-wide sampling)的策略.两种方法计算得到的相对结合自由能都能和实验值很好的符合.同时从动力学模拟的得到的分子轨迹得到了抑制剂和受体之间相互作用模式,抑制剂的P1部分可以和受体的S1′口袋形成很强的范德华和疏水相互作用,P1上的苯环可以和Tyr223上的苯环形成较好的π键堆积相互作用.

摘要：介绍了北京大学中药有效成分三维结构数据库软件系统的结构、功能及开发步骤,该数据库系统不仅仅提供6500个中草药有效成分的二维和三维结构以及其它各类相关信息,同时拥有功能强大的数据库查询、维护及分子表达系统.在该系统中,用户可以交互式地实现多种分子特征的查询以及二维子结构的查询查询得到的分子可以直接在北京大学药物设计系统(PKUDDS)中进行三维结构的显示和分析.该数据库系统和我们科研组开发的北京大学药物设计系统以及中草药信息、系统构成了完整的基于中药的药物设计系统该系统已经用于NS3-NS4A蛋白酶抑制剂以及其它本系的研究并取得了很好的结果.

摘要：近些年 ,基于分子动力学模拟和连续介质模型的自由能计算方法受到了越来越多的关注 ,其中MM PBSA就是最具代表性的方法。在MM PBSA中 ,体系的焓变采用分子力学 (MM )的方法计算得到 ;溶剂效应中极性部分对自由能的贡献通过解Poisson Boltzmann(PB)方程的方法计算得到 ;溶液效应中非极性部分对自由能的贡献则通过分子表面积 (SA)计算得到。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年MM PBSA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对MM PBSA的发展前景进行了展望。

摘要：采用两种分子场分析方法即比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似因子分析法(CoMSIA)进行了37个褪黑激素受体拮抗剂的构效关系研究.计算结果表明,两种方法得到的构效关系模型都具有较好的预测能力.在计算中,还考察了不同格点距离和电荷计算方法对构效关系模型的影响.通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到叠合分子周围分子场特征对化合物活性的影响,为设计新的褪黑激素拮抗剂提供了一些理论依据.

摘要：比较分子场分析方法 ( Co MFA)是目前在三维定量构效关系 ( 3D- QSAR)中应用最为广泛的方法之一。但传统的比较分子场分析方法在具体的实现过程中还存在着一些缺陷和不足 ,包括分子场势能函数的选择 ,活性构象的确定 ,分子的叠合以及分子场变量的选取等等。本文结合我们科研组的工作 ,就近几年Co MFA方法的最新进展做了较为详细的阐述 ,同时对 Co

摘要：选用27种三维结构性质描述符对脑血分配系数预测建立神经网络模型.网络模型选用典型的适合函数逼近的两层结构神经网络对脑血分配系数(lgBB,BB为脑血浓度比)进行预测,计算中采用的模型具有一个双曲正切型激活函数的隐含层和一个线性激活函数的输出层.计算表明,使用小心选择的反向传播神经网络模型对化合物脑血分配系数具有较好的预测能力.

摘要：介绍了北京大学中医药网络信息系统的设计方向及实现步骤,对该系统的开发平台、体系结构以及实现系统的相关技术进行了具体的分析与论述.该系统包括中草药、中成药、中药有效成分、中药食疗以及中药方剂等五个专业的数据库和其它大量中医药相关信息,这些网络数据库和信息构成了完整的中医药网络信息系统.通过和其它药物设计方法的结合,该信息系统成为基于中医药药物设计和发现先导化合物的重要工具.