摘要：为探究黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)繁殖功能与促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)基因结构的关系,参考近缘种的cDNA序列设计引物,采用RT-PCR法克隆得到了黑线仓鼠CRH基因的部分序列,克隆得到长度为1 112 bp,为外显子1和外显子2的部分序列,包括全部编码区序列564 bp;编码区共编码187个氨基酸,GenBank登录号为JQ416143。利用编码区序列构建系统进化树,结果显示,黑线仓鼠与大鼠、小鼠亲缘关系最近,与其他哺乳动物亲缘关系较近,而与原鸡亲缘关系最远,此结果与物种的进化关系相一致。同时对其编码的蛋白质进行一级结构分析及二级、三级结构预测,得到了CRH的信号肽序列和41个氨基酸组成。本研究首次报道了黑线仓鼠的CRH基因序列,为进一步探究CRH基因奠定基础,对系统分析CRH的功能具有重要的参考价值,同时该cDNA序列可作为物种亲缘关系或遗传距离研究的理想标记。

摘要：为了解不同地理种群喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的种群数量变化并探讨其内在的遗传学机制,通过构建部分基因组文库的方法筛选出8个高变异微卫星位点,根据微卫星位点的测序结果设计相应引物,PCR扩增检测了青藏高原4个地理种群(德令哈、乌兰、沱沱河、安多)喜马拉雅旱獭的遗传多态性及其种群结构。研究结果显示:8个位点在喜马拉雅旱獭种群中均为高度多态,观察等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量分别为4.75、3.033 2、0.610 2;喜马拉雅旱獭种群总的期望杂合度和观察杂合度分别为0.670、0.699;3个喜马拉雅旱獭种群显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)偏离H-W平衡状态,且这些偏离平衡的位点均由杂合过度导致(FIS<0);喜马拉雅旱獭种群的部分位点已经偏离了突变-漂移平衡。结论:筛选出的8个微卫星位点适合于喜马拉雅旱獭种群遗传多样性的研究,所研究的喜马拉雅旱獭种群有较高的遗传多样性,安多地理种群在近期可能经历过瓶颈效应,种群数量曾经下降。

摘要：隐花色素(Cryptochromes,包括Cry1和Cry2)编码黄素腺嘌呤二核苷酸结合蛋白,是昼夜节律核心振荡器复合物的关键组分,是各种生理功能的重要调节因子.本实验以黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)为材料,通过设计特异性引物,RT-PCR技术克隆得到黑线仓鼠Cry1 cDNA序列1822 bp(GeneBank登录号:MK796241)、Cry2 cDNA序列1945 bp(GeneBank登录号:MK796242).运用生物信息学对Cry1、Cry2核酸序列以及蛋白质序列进行分析,构建系统进化树,结果表明:测得的Cry1 cDNA包括一个完整的开放阅读框1764 bp,部分5′端非翻译区和部分3′非翻译区,编码587个氨基酸,A+T含量略高于G+C含量;测得的Cry2的cDNA包括一个完整的开放阅读框1794 bp,部分5′端非翻译区和部分3′非翻译区,编码597个氨基酸,G+C含量远高于A+T含量,提示其Tm值较高,热稳定性强.CRY1、CRY2理论蛋白分子量为66469.86 Da、67427.08 Da,等电点(pI)为8.40、8.82,均为不稳定蛋白.CRY1、CRY2蛋白跨膜区和疏水性分析和信号肽分析等均表明,整体疏水性不强,为亲水性蛋白;没有信号肽,不属于分泌蛋白,与其作为转录抑制因子相符合.功能结构域预测表明,二者均含有两个高度保守的功能结构域:DNA光解酶及FAD结合域.同源性比对及系统进化树分析显示,黑线仓鼠与中国仓鼠亲缘关系最近,与灵长类目及鸡形目亲缘关系较远,这与传统的分类物种分类方式相一致,证实本实验测得的Cry1、Cry2基因序列正确,体现了Cry1、Cry2进化的保守性.本实验为探究昼夜节律基因Cry1、Cry2在动物繁殖调控中的作用奠定了基础,具有重要的理论意义.

摘要：参考黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)近缘种PPARβ的cDNA序列设计引物,采用RT-PCR法克隆得到黑线仓鼠PPARβ部分序列,并翻译成氨基酸.利用该结果与其他物种核苷酸及氨基酸序列进行相似性比较、构建系统进化树、一级结构分析、二级结构和空间结构预测.结果表明:得到的480 bp PPARβ序列包括部分外显子4,全部外显子5、6及部分外显子7;共编码159个氨基酸;除人之外,黑线仓鼠PPARβ基因与其他物种的核苷酸相似性均在88%-94%之间,氨基酸相似性均在90%以上;构建进化树得出,黑线仓鼠与鼠类亲缘关系最近,与人的亲缘关系最远;疏水性分析、二级结构预显示该编码区亲水性较强;二级结构、空间结构预测显示该序列含α螺旋较多;空间结构预测看出该段区域含两个典型的锌指结构.

摘要：以大鼠、小鼠、金仓鼠(Mesocricetus auratus)的同源保守序列设计了黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)黄体生成素受体基因(LHR)的引物,经PCR扩增得到了154 bp的目的产物,通过Blast证实该片段是黑线仓鼠的LHR序列.该段序列处于第11外显子的5’端,编码51个氨基酸,包含部分铰链区和第一个跨膜α螺旋(TM1)区.疏水性氨基酸所占比例相当高,其中缬氨酸、异亮氨酸各占9.80%,亮氨酸为19.61%,通过疏水性分析,TM1区具有典型的α螺旋特征.与大鼠、小鼠、金仓鼠等物种同源比对,核苷酸和氨基酸的同源性分别达到了83%-98%,82%-100%.α螺旋跨膜区的氨基酸同源性超过82%具有很强的保守性,但在26,41,44,48位点上仍然表现出种属之间的差异性.该研究用PCR的方法克隆出了黑线仓鼠LHR的部分序列,并对其进行了同源性分析,为今后黑线仓鼠种群繁殖机制、种群扩散模式等的研究奠定一定理论基础.

摘要：通过构建基因组部分文库的方法在喜马拉雅旱獭4个地理种群中筛选出高变异微卫星位点,设计相应引物,检测位点SSR2、SSR4、SSR7在这4个地理种群中的遗传多态性,计算各种群间的遗传距离并进行聚类分析.结果表明:微卫星位点SSR2、SSR4、SSR7在4个地理种群中发现的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数、期望杂合度、多态信息含量波动范围分别为3-5,1.848-3.846,0.886-1.395,0.459-0.740,0.430-0.692,平均值分别为4.667、3.243、1.281、0.689、***聚类分析显示4个地理种群遗传进化关系明确,反映各种群之间的遗传相似性和遗传差异.结论:微卫星位点SSR2、SSR4、SSR7均为高度多态位点,适用于喜马拉雅旱獭遗传多态性研究;4个地理种群均显示出较高的遗传多态性,与喜马拉雅旱獭分布广泛、数量众多的事实相吻合.

摘要：根据GenBank中黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)同源物种的AVPcDNA序列设计引物,利用RT-PCR技术得到了黑线仓鼠精氨酸加压素(AVP)基因部分cDNA序列,包括外显子2的全部序列和外显子1、3的部分序列,共433bp,并注册到GenBank(登录号:JN227681)。该段序列共编码143个氨基酸,二级结构预测显示片段中含较多的α螺旋。该序列与其他物种相应区域的比较结果表明其同源性为84%～92%,氨基酸序列同源性为82%～93%。系统进化分析结果与物种亲缘关系的远近一致,该序列的克隆为研究AVP的表达调控机制奠定了基础,将有助于AVP的作用机制的研究及功能分析,同时该cDNA序列可作为物种亲缘关系或遗传距离研究的理想标记。