摘要：近几年,新冠病毒感染疫情在国际上肆虐,给高校的教学带来新的困难和挑战,也对生物统计软件课程的教学提出新的要求,即需要实现线上授课的教学模式改革。该文从线上教学存在的优势和劣势进行分析,探索生物统计软件课程的线上教学模式,既是对自身直播教学的反思总结,也期待能为未来的高校生物统计软件课程的教学改革提供参考。

摘要：四向杂交(four-way cross)设计是指4个纯系亲本参与杂交衍生分离群体的一种交配设计。尽管国际上已经提出基于四向杂交设计的迭代重新加权最小平方(iteratively reweighed least squares,IRWLS)QTL作图方法,但该方法忽略了双侧标记基因型内QTL基因型的混合分布特性,当QTL位置和标记的位置不重合时作图精度较低。本文根据四向杂交设计的数量遗传模型,发展出基于四向杂交设计和混合分布理论的QTL作图的极大似然估计方法。首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率,然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以计算机模拟数据研究了QTL遗传力、样本容量和分子标记信息含量3个因素对方法的影响,结果表明:(1)在QTL的被发现能力上,标记信息不完全的四向杂交设计仅略低于信息完全时的四向杂交设计;(2)随着QTL遗传力、样本容量和标记信息含量的增大,QTL位置以及效应估计值的准确度和精确度逐步提高。

摘要：用8个纯系亲本杂交衍生的八向杂交设计分离群体进行QTL作图的新方法,先建立八向杂交设计的数量遗传模型及其基因型的两点概率转移矩阵,以此计算基因组任一假定座位QTL基因型的条件概率;然后根据混合分布理论建立基于EM(Expectation-maximization)算法实现的QTL区间作图的极大似然估计方法。方法的有效性通过计算机模拟分析加以验证,结果表明:对于信息完全的QTL位置和效应估计的准确度和精确度,除5个QTL位置的估计均很准确外,其余均表现为样本容量越大、QTL遗传力越高,其准确度和精确度越高,表现出令人满意的结果。对于信息不完全的QTL,其统计功效未因信息不完全而受影响。此外,在该模拟设置下,标记偏分离未使QTL的统计功效、位置和效应估计的准确度和精确度显著降低。

摘要：对多亲本杂交衍生的多个群体的联合分析将有助于QTL的定位和基于QTL分析的育种实践,但目前还没有一个可对这类群体进行联合分析的通用方法。在以往发展的双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图谱的联合构建方法的基础上,进一步拓展为可以对多个亲本杂交衍生的多个相关群体进行联合分析。首先建立了多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL联合作图的通用遗传模型,然后根据混合分布理论建立基于EM(expectationmaximization)算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以循环杂交设计的3个F2群体为例用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量2个因素对方法的影响。结果表明,无论是统计功效,还是参数估计的准确度和精确度,相同遗传力下,对循环杂交设计的3个F2群体联合作图均优于对其中的任2个F2群体联合作图。该方法的主要优点:一是可以比较和综合已有的对单个作图群体的定位结果,提高QTL检测的功效和定位的精度;二是在多亲本涉及的等位基因数更多的情形下,可以扩大和发掘有关数量性状的基因资源,从而为育种学家改良相应的数量性状奠定重要基础。

摘要：为了研究双亲杂交衍生的多个群体QTL作图分析的方法,对两个亲本通过任意杂交设计衍生的任意多个相关群体联合分析的方法进行了探讨。其要点是:首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率,然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以双亲杂交衍生的F2和BC群体联合分析为例,用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量两个因素对方法的影响。结果表明,在染色体水平模拟时,相同的遗传力下,F2和BC群体联合分析的统计功效明显高于这两个群体单独分析的统计功效。此外,即使两个群体联合分析时的样本容量与两个群体单独分析时的样本容量相等,联合分析的统计功效亦明显高于单独分析的统计功效。且随着遗传力和样本容量的提高,本方法的统计功效逐步提高。在参数估计的准确度和精确度上,相同的遗传力下,F2和BC群体联合分析普遍高于这2个群体的单独分析,尤其是在低遗传力(5%)和较少样本容量下(50),这种优势更为明显。且随着遗传力和样本容量的提高,各参数估计的准确度和精确度亦逐步提高。为了验证本方法的效用,在全基因组水平进行了模拟分析,同样得到了预期的结果。

摘要：应用新近提出的ｐ＾＋ｑ＾＋ｐｑ交配设计的种子性状遗传表达鉴别方法，分析了籼型水稻３个不育系和１０个恢复系配组的３０个杂种Ｆ１植株上的Ｆ２种子及其亲本的９个稻米品质性状。结果表明：（１）粒长、粒宽、粒重、糙米率和完整精米率５个性状在Ｆ２米粒间没有发生遗传分离，它们的遗传受二倍体母体基因型（Ｆ１植株）控制。（２）垩白率、直链淀粉含量、糊化温度和胶稠度４个性状则在Ｆ２米粒间有极显著的遗传分离。

摘要：进行数量性状基因作图时,需根据侧连标记基因型推断与之相邻的QTL基因型的条件概率.该文首先就该问题对两向、四向杂交分离群体进行了综述.而后针对所述群体的局限性提出了一种新型的八向杂交设计,并推导出其两点概率转移矩阵及以之进行QTL基因型多点联合推断的方法.