摘要：Omicron(奥密克戎)作为最新的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)突变株,其带有大量的突变位点,且突变位点主要位于S蛋白上,这不仅会增加再次感染病毒的风险,同时也会大幅降低疫苗和抗体疗法的的效果。Omicron携带的突变虽不影响国内现使用的核酸检测试剂,但这些检测试剂不能有效地鉴别出Omicron突变株。本研究通过对Omicron以及其他SARS-CoV-2突变株的基因序列进行分析,设计了能特异性检测Omicron突变株的TaqMan探针。同时,该探针可与现有的核酸检测体系进行结合,实现SARS-CoV-2核酸检测和Omicron突变株鉴别的双重功能。

摘要：稳定性是蛋白质重要性质之一,工业用蛋白质需要良好的稳定性,进化过程中蛋白质新功能的衍生也依赖于蛋白质的稳定性。提高蛋白质的稳定性,尤其是提高未知结构蛋白质的稳定性是一项非常具有挑战性的工作——传统的蛋白质改造方法如定向进化费时费力,传统的理性设计则难以被其他研究者复制。虽然目前有很多蛋白质稳定性预测工具,但这些预测工具大多都需要预先测定蛋白质的三维结构,因此结构未知的蛋白质的稳定性预测受到了限制。近年来,人们开发了一些利用蛋白质的氨基酸序列和模拟结构来预测突变对结构未知蛋白质稳定性影响的预测工具。介绍该方面的研究进展,以期为蛋白质工程研究提供参考。

摘要：核酸检测是新型冠状病毒肺炎(COVID⁃19)诊断的金标准。目前,临床上主要采用基于TaqMan探针的荧光定量PCR(qPCR)来检测新型冠状病毒(SARS⁃CoV⁃2)的N基因和ORF1a/b序列。在实际的核酸检测中,因采样和qPCR灵敏度问题导致的假阴性结果时有发生。为了优化SARS⁃CoV⁃2的核酸检测,我们设计了含有两个淬灭基团的双淬灭TaqMan探针,与单淬灭TaqMan探针相比,双淬灭TaqMan探针的背景荧光信号更低(161±9 vs.290±18)。同时,我们以N基因质粒和假病毒作为核酸检测的模板,发现双淬灭TaqMan探针检测体系具有更好的检测精密度(CV 1.4%vs 2.3%;0.6%vs 2.1%)以及更低的检测下限。