摘要：对已构建的鸭瘟病毒(DPV)DNA文库重组质粒测序后,运用ORF Finder、BLASTN等工具进行全面生物信息学分析,根据分析结果设计引物,以DPV DNA为模板进行PCR扩增和T克隆,获得完整基因,经测序和探针核酸斑点杂交进行验证。结果证实,获得的完整ORF片段(ORF1296)为DPV的gC基因(GenBank登录号EU076811),全长1 296 bp,与已报道的其他疱疹病毒gC基因具有较高的同源性,它编码432个氨基酸,蛋白分子质量为45 ku、等电点(PI)为5.292,具有疱疹病毒典型I型膜蛋白结构特征。gC基因进化树分析表明,DPV与α-疱疹病毒亚科的鸟源疱疹病毒亲缘关系最近,编码的gC蛋白多为柔性区域,富含无规卷曲,含少量α-螺旋和β-折叠,氨基酸序列的第21～24、50～58、67～70、161～171、273～281、387～393位最有可能为抗原表位。此结果为进一步开展DPV gC基因及其编码蛋白的深入研究提供了有用数据。

摘要：【目的】了解四川地区新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的分子生物学特征及遗传变异情况。【方法】根据Gen Bank中发表的新型鹅细小病毒的全基因组序列,设计5对兼并引物采用PCR方法分段扩增新型鹅细小病毒四川株的全基因组序列,并利用DNAstar等生物信息分析软件对获得的基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】获得的新型鹅细小病毒四川株(命名为SC16)全长5 109 nt,5′端ITR长408 nt,3′端ITR长407 nt,NS基因长1 884 nt,VP基因长2 199 nt。序列比对和遗传进化分析显示,SC16株与山东分离株SDLC01(KT343253.1)及QH15(KT751090.1)的基因组核苷酸同源性高达99%,与两者的亲缘关系最近,基于NS及VP蛋白的氨基酸序列系统进化树分析结果与此一致。但SC16株的5′端ITR还是发生了一定的变异:与SDLC01及QH15相比,多了几个14 nt的插入片段。【结论】研究结果丰富了NGPV的分子生物学资料。

摘要：根据获得的Ⅰ型鸭病毒性肝炎病毒（DHVⅠ）RNA聚合酶基因序列，应用Primer Premier5．0软件设计了1对引物，建立了检测DHVⅠ的RT-PCR方法。该法能从DHVⅠ中扩增到440bp的条带，而对正常鸭胚尿囊液、健康鸭肝、鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、鹅细小病毒、雏鹅新型病毒性肠炎病毒、禽流感病毒（H5N2亚型）、鸭病毒性肿头出血症病毒、鸭源多杀性巴氏杆菌（5：A）的扩增结果均为阴性。该法最低可以检测到30pg的DHV工核酸模板。RT-PCR对DHVⅠ强毒CHv-1株人工感染发病死亡鸭肝的检测结果与病毒分离和Dot—ELISA检测结果的阳性检出率均为100％，对脾、肺、脑病料的检出率显著（P≤0．01）高于病毒分离和Dot-ELISA。RT-PCR、病毒分离和Dot—ELSA对1987～2005年采集且保存于-20℃的经病毒分离已确诊为鸭肝炎的临床送检肝病料的检出率分别为100％（19／19）、36．84％（7／19）和57．98％（11／19），对2000-2005年采集且于-20℃保存的来源于中国18个省份发病鸭群的48份肝病料的检出率分别为100％（48／48）、56．25％（27／48）和75．00％（36／48）。结果表明，建立的RT—PCR方法具有良好的特异性和敏感性，可用于DHVⅠ的分离鉴定、临床病料的检测和分子流行病学调查。

摘要：根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法。以建立的PCR方法对RA、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽孢杆菌进行检测,结果只有RA DNA能扩增出844 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致。对不同稀释度的RADNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22 pg,最少检出RA 80 CFU/mL。以该PCR方法对可疑为RA的临床病料和菌株进行检测和鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100%。表明本研究所建立的基于RA 16SrRNAPCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于RA感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定。

摘要：根据我们实验室发现的鸭疫里默氏杆菌(RA)荚膜多糖蛋白基因序列(DQ151838),设计和合成荧光定量PCR引物和探针,建立了检测RA的实时荧光定量PCR方法。该法的表达式Y=-3.416X+39.492,相关系数1.000,PCR循环效率96.2%,DNA拷贝数在100～108范围内检测曲线有良好的线性关系。该法的最适Mg2+、引物和探针浓度分别为4～5mmol/L、0.16～0.2μmol/L和0.16μmol/L,最低能够检测到RA的DNA模板为2.0copies/μL。1/10半数致死量的RA人工皮下注射感染7日龄樱桃谷鸭后2h即可在心、肝、肺、胸腺、食管中检测到RA核酸;感染后8h即可在心、肝、脾、肺、肾、脑、胰、食管、气管、胸腺、法氏囊、十二指肠、直肠、血液和咽喉拭子检测到RA核酸,36～120h是RA在感染雏鸭除了咽喉、食管和气管各个组织器官繁殖数量最高峰期,其后逐渐下降。RA人工感染致死雏鸭的心、肝、脑RA分离和FQ-PCR检测符合率为100%。对临床送检具有典型鸭疫里默氏杆菌病临床症状和病理变化的死亡雏鸭的肝脏、心血和脑组织的FQ-PCR检测的阳性率均为100%,而RA分离的阳性率分别只有74.3%(26/35)、82.9%(29/35)和91.4%(32/35)。FQ-PCR可用于鸭疫里默氏杆菌感染的快速诊断、流行病学调查和鸭产品的检疫等。