摘要：为了解引发贵州省某猪场腹泻疫情的猪轮状病毒(PoRV)基因组特征和遗传变异规律,本研究将鉴定为PoRV阳性的腹泻病死仔猪的肠内容物样品处理后接种Vero细胞,传代后经RT-PCR鉴定并测序,结果显示PoRV属于G5P[13]型。通过透射电镜和间接免疫荧光试验鉴定,结果显示:能观察到直径约70 nm的无囊膜的病毒粒子,接种病毒的Vero细胞有特异性的绿色荧光,表明分离获得一株PoRV,命名为GZAS2020株。根据PoRV国内外参考株序列设计11对兼并引物,经RT-PCR扩增该病毒11个节段并测序后拼接,结果显示:该病毒基因组全长18 514 bp。对GZAS2020株全基因组序列同源性分析,对其VP4、VP7氨基酸差异性及基因重组情况分析。结果显示:GZAS2020株11个节段分别与猪、人、熊猫源轮状病毒的同源性最高且遗传进化树处于同一分支,且VP7、VP4、VP6、VP1~VP3、NSP1~NSP5基因与国内外各基因型轮状病毒的同源性分别高达97.2%、95.6%、98.7%、96.3%、94.5%、96.1%、97.6%、96.5%、96.6%、98.3%、98.7%,该株病毒全基因组基因型为G5-P[13]-I5-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1。GZAS2020株VP4存在23个氨基酸位点的点突变(S^(28)L、H^(42)Q、T^(133)A、A^(185)V、N^(194)S、S^(197)N、E^(200)K、I^(209)V、S^(237)P、H^(248)Q、R^(282)Q、T^(294)A、S^(361)T、Q^(362)P、I^(381)V、M^(393)V、N^(447)S、V^(455)A、T^(460)A、M^(466)I、V^(601)A、S^(655)A、S^(681)N),VP7存在20个氨基酸位点的点突变(C^(44)R、Y^(68)H、F^(86)L、I^(105)V、S^(110)P、D^(116)Y、V^(137)I、R^(154)G、T^(158)I、M^(168)V、F^(175)V、C^(203)Y、S^(221)G、R^(232)C、P^(238)S、C^(262)S、S^(266)R、S^(278)P、T^(282)A、M^(295)V)。重组分析结果显示,GZAS2020株VP4基因和NSP4基因存在重组事件,是由KT727244.1株和MK227934.1株的VP4基因、MK228074.1株和AF144797.1株的NSP4基因重组形成的重组病毒。综上所述,GZAS2020株是由猪源病毒株重组而来,存在跨种间传播,且有传播给人的风险,应引起高度重视。本研究在贵州首次分离到G5P[13]型PoRV,对其遗传演化特征分析为PoRV感染的防控提供参考依据。

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