摘要：MITE（miniature inverted repeat transposable element）是植物中存在的高重复的一类转座元件。基于邻近MITE扩增多态设计的分子标记称为IMP标记（inter MITE polymorphisms）。从133个IMP引物中筛选出32个稳定多态的引物,并以30个烟草品种为材料,获得185个多态条带,平均每对引物检测多态条带5.78个。聚类分析显示,参试品种间遗传距离的变化范围为0.02~0.81、平均为0.33。30份烟草品种可分为3类,晒烟、香料烟、北方烤烟品种等属I类;第II类主要是美国NC系列品种、Coker系列品种和中国云烟系列烤烟品种;第III类为2个白肋烟品种。结果表明,IMP标记能够在烟草中扩增并获得品种间多态信息,可用于品种间的遗传关系分析,这为烟草的遗传研究及分子辅助育种奠定基础。同时,聚类结果显示,30个栽培烟草品种之间亲缘关系较近,丰富烟草种质资源应是今后育种的方向之一。

摘要：分蘖角度是水稻重要的株型性状,合适分蘖角是实现水稻高产的关键因素。针对控制水稻分蘖角度的主效基因TAC1的功能位点,设计了基于STARP(Semi-thermal asymmetric reverse PCR)技术的特异性分子标记S-TAC1,并对56份已测序常规水稻品种及164份杂交水稻进行了基因型鉴定。S-TAC1准确地鉴定了56个已测序常规品种的基因型,紧凑纯合基因型tac1/tac136份,松散纯合型TAC1/TAC120份,表明S-TAC1分型结果准确可靠。在164份杂交水稻中,杂合基因型TAC1/tac162份,松散纯合型TAC1/TAC1102份。本研究开发的功能标记为通过分子标记辅助选择培育理想株型的水稻品种提供了技术支撑。

摘要：提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例,通过基因组简约法收集烟草基因组代表性片段和高通量测序产生11.4 Gb数据,经生物信息学分析获得了1015个高质量SNP位点。以SSR标记为骨架,绘制包括SNP标记在内、标记总数为1307的烤烟遗传连锁图。最后利用该遗传图谱和普通烟草2个祖先种的基因组序列,分析烟草24个连锁群(染色体)之间的同源关系,发现了大量染色体之间的重组或交换事件以及部分染色体之间的共线性。

摘要：为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP(inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE(miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获得11 581组具有特异TIR(terminal inverted repeat,末端重复元件)序列的MITE及其多序列联配结果,并根据联配结果设计219条烟草IMP引物;利用9个不同类型烟草代表性品种进行测试,其中119条引物PCR扩增成功,引物开发成功率为54.6%;进一步对一个烤烟遗传群体亲本‘红花大金元’和‘HicksBroadleaf’进行标记筛选,共获得29个多态性标记,群体检测表明有21个标记可以整合定位到一个SSR标记遗传连锁图上.说明IMP标记在烟草中是一种可以利用的分子标记,但跟其他标记一样表现出较低的多态性,需高通量检测平台与之配套来提高其开发效率.