摘要：目的从基因组序列中选择和设定新的、可用于研究日本血吸虫多态性的微卫星位点。方法672个日本血吸虫标本取自安徽、江西、湖南、湖北和四川等5省的7个流行区现场。根据日本血吸虫基因组数据库中的初始数据设计引物,对标本的17个全新的日本血吸虫微卫星位点进行分析。用GenMapper4.0软件(Applied Biosystems)进行初始数据处理,用GenClone1.0软件计算种群内各标本的遗传距离;用GenAlEx6软件统计等位基因的变化;用GenClone1.0软件计算种群内各标本的遗传距离;用UPGMA谱系图分析种群间遗传距离。结果17个微卫星位点均呈现多态性。对江西都昌种群的这17个位点进行分析,标本之间的遗传距离大多为25～32,显示江西都昌种群内各个标本之间的遗传差异明显。对7个地区种群分析的结果显示种群间的差异较为明显。类平均法系统聚类分析(UPGMA)谱系图显示,江西都昌、安徽铜陵、湖北沙市和湖南常德的种群同为一簇,其遗传距离为0.0178～0.0363;安徽贵池和湖南岳阳的为另外一簇,其遗传距离为0.0247;而四川西昌单独为一簇,与其他两簇的遗传距离为0.0192～0.0693。结论选择的17个微卫星位点可作为研究日本血吸虫种群遗传学的有效标记,并揭示中国大陆该虫种存在着复杂的遗传变异。

摘要：目的以60S核糖体蛋白L44(60S RPL44)基因为靶基因,筛选出一段可特异性检测锥虫属(Trypanosoma)原虫的核酸靶序列,并对其敏感度和特异性进行初步评价。方法将布氏锥虫指名亚种(*** brucei)的60S RPL44基因序列与公共数据库中田鼠巴贝虫(Babesia microti)、杜氏利什曼原虫(Leishmania donovani)、间日疟原虫(Plasmodium vivax)、恶性疟原虫(***)和刚地弓形虫(Toxoplasma gondii)等24种非锥虫属常见的血源性原虫,以及8种锥虫属内其他种的同源序列进行比对。同时,利用Primer Premier 6对布氏锥虫指名亚种的60S RPL44基因序列设计多对引物,结合序列比对结果和各引物评价情况,从中筛选出一对评价情况良好且理论上仅能扩增锥虫属靶序列的引物。利用该对引物检测布氏锥虫指名亚种、布氏锥虫罗德西亚种(***)、刚果锥虫(***)、伊氏锥虫(***)以及上述5种其他属原虫,评价其特异性。采用梯度稀释(10 ng/μl、1 ng/μl、100 pg/μl、10 pg/μl、1 pg/μl)的伊氏锥虫基因组DNA为模板评价其敏感度。结果选出一段基于60S RPL44的特异性序列,针对该序列的扩增引物为P1:5′-CCTGATGAAAGGTGCAATG-3′,P2:5′-CGTTTTCGCCTTCTTGTGGA-3′。该引物扩增布氏锥虫指名亚种、布氏锥虫罗德西亚种、刚果锥虫、伊氏锥虫的DNA均为阳性,扩增片段长156 bp;扩增田鼠巴贝虫、杜氏利什曼原虫、间日疟原虫、恶性疟原虫、刚地弓形虫等非锥虫属原虫均为阴性;该引物检测伊氏锥虫DNA的敏感度为10 pg/μl。结论筛选获得一段敏感度较高、特异性强的检测锥虫属原虫的核酸靶标序列。