摘要：目的利用Luminex xTAG技术，建立能高通量鉴别沙门菌H抗原的xTAG悬浮芯片法，用于沙门菌的血清型别鉴定。方法以沙门菌编码H抗原的fliC和fljB基因为目标基因，选取其保守片段设计上游通用引物，选取可变片段设计下游特异性引物；合成时上游引物的5′端用生物素标记，下游引物的5′端连接特定的TAG序列；标本经多重PCR扩增并标记生物素和TAG序列后，与含anti-TAG序列的编码磁珠混合液杂交分型，通过生物素与链霉亲和素-藻红蛋白的反应报告结果。利用建立的xTAG悬浮芯片法鉴定145株沙门菌日常分离株的H抗原，并与传统的血清凝集试验比较。结果31种沙门菌H抗原经多重PCR扩增后，与xTAG磁珠杂交后可鉴别分型，各H抗原间无交叉反应，且重复性良好，与大肠埃希菌、霍乱弧菌、副溶血性弧菌及志贺菌DNA等亦无交叉反应。对145株沙门菌进行H抗原鉴定，与传统的血清凝集试验比较，其敏感度为95.1%，特异度为100%。结论利用xTAG悬浮芯片法鉴定沙门菌H抗原，特异准确，可在4～5 h内完成90多株常见血清型沙门菌的H抗原鉴定。

摘要：目的筛选并鉴定可用于实验室快速检测副溶血性弧菌的适配体序列。方法利用全菌SELEX技术,通过人工合成全长86 bp、中间含40 bp随机核苷酸序列的单链DNA文库,筛选与副溶血性弧菌高效结合的适配体,对候选适配体序列进行特异性分析,并评估其二级结构和Kd值。结果第4轮筛选即出现比较明显的产物富集,继续筛选至第12轮结束。经克隆和测序后得到5条候选适配体序列(F2、F5、F6、F19、F30),它们与副溶血性弧菌的结合率分别为68.8%,68.8%,73.1%,65.2%和72.7%;特异性实验显示,5条候选适配体均能与副溶血性弧菌高效结合,与5种其它常见致病菌则结合不明显;用DNA folding form对5条候选核酸适配体序列进行二级结构模拟,结果显示,其二级结构以茎环(凸环和圆环)为主,茎环结构中的茎多由G-C配对组成;采用荧光分析法对5条候选适配体的Kd值进行分析测定,其对靶细菌的解离常数分别为15.88、15.24、9.13、4.12和25.39 nM。结论全菌SELEX技术可用于副溶血性弧菌适配体筛选,5条候选适配体与靶细菌结合力强,特异性高。

摘要：设计引物和探针,优化多重实时PCR条件,以同时检测霍乱弧菌霍乱毒素基因ctxA、副溶血弧菌种特异性基因gyrB和耐热肠毒素基因tdh。该多重实时PCR方法检测产毒素性的O1群(3株)和O139群(44株)霍乱弧菌菌株、不产毒素的O1群(12株)和O139群(6株)及非O1非O139群(7株)霍乱弧菌菌株的ctxA,阳性和阴性结果与普通PCR检测结果100%符合;检测副溶血弧菌种特异性gyrB,116株副溶血弧菌均阳性,而9株其它细菌和72株霍乱弧菌均阴性;检测tdh的阳性和阴性结果也与普通PCR结果完全一致。另外还建立了检测副溶血弧菌菌株trh1和trh2的单重实时PCR方法。

摘要：埃可病毒7型(Echovirus 7,ECHO7)属于小RNA病毒科人肠道病毒属,常引起儿童病毒性脑炎、手足口病和急性迟缓性麻痹等疾病。为了解病毒性脑炎患者脑脊液中分离获得的一株ECHO7毒株(40/Longyou/ZJ)的全基因组特征,进行全基因组测序并分析其分子变异和遗传进化特点。设计引物,提取病毒RNA,PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4.1、DNAstar、RDP4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。40/Longyou/ZJ病毒株基因组全长7426个核苷酸(nt),5′端和3′端分别为741nt和100nt的非编码区(Untranslated region,UTR),5′UTR和3′UTR间为一个6585nt长的开放阅读框,编码含2194个氨基酸的多聚蛋白。与GenBank中12株ECHO7代表株的全序列比较发现,核苷酸相似性为79.3%~85.7%,氨基酸相似性为95.5%~97.8%。基于5′UTR、P1和P2区构建的遗传进化树中,40/Longyou/ZJ株与ECHO7参考株均在同一进化分支;但在P3区的遗传进化树中却与其他肠道病毒B组病毒聚类。RDP4和SimPlot3.5.1软件分析均证实40/Longyou/ZJ分离株与柯萨奇病毒B组4型(Coxsackievirus B4,CVB4)存在基因自然重组现象,重组位点主要在编码逆转录酶蛋白的3D区。本研究首次对我国脑脊液中分离的ECHO7进行全基因序列测定和分析,发现40/Longyou/ZJ分离株与CVB4存在基因重组,对研究ECHO7的遗传特性具有重要意义。

摘要：目的分析杭州市2017—2018年登革热核心区蚊媒应急处置工作情况,明确登革热蚊媒控制对策。方法收集杭州市2017—2018年登革热疫情相关资料,对病例报告发现情况以及应急处置核心区的数量、持续时间和伊蚊密度监测情况进行分析,评价核心区蚊媒应急处置工作效果。结果2017—2018年杭州市累计报告登革热病例1 242例,划定核心区419处。本地病例核心区342处,占81.62%;首次监测布雷图指数10~<20和≥20的核心区分别为87处和79处,分别占20.76%和18.85%;持续时间≤25 d的核心区298处,占71.12%。应急处置3日后布雷图指数达标率和成蚊帐诱指数达标率分别为60.38%和73.51%,8日后达标率分别为73.27%和79.95%。与2017年相比,2018年本地病例核心区所占比例(27.63%)下降,核心区持续≤25 d的比例(96.05%)增加,成蚊帐诱指数3日达标率(82.89%)提高(均P<0.05)。结论杭州市登革热核心区蚊媒应急控制机制基本建立,登革热诊断延误、暴发疫情应对不及时、媒介伊蚊控制失败仍是杭州市登革热暴发响应和应急处置存在的主要问题。

摘要：目的了解杭州市2017—2019年登革热流行特征及疫情处置情况,比较输入和本地疫情差异,为制定登革热防控措施提供依据。方法采用描述性流行病学方法分析2017—2019年登革热疫情的流行病学特征,比较输入病例与本地病例的流行特征、登革病毒分型、核心区布雷图指数及成蚊叮咬指数及持续时间。结果2017—2019年共报告登革热输入病例213例,本地病例1210例;输入病例以30~<40岁及20~<30岁的人群为主,分别占34.74%和26.76%,本地病例以≥60岁及50~<60岁人群为主,分别占21.07%和17.85%。各月份均有输入病例报告,本地病例高峰在8—10月。输入病例4种登革病毒血清型别均有检出,本地病例2017年主要为Ⅱ型病毒株,2018、2019年均为Ⅰ型病毒株。输入病例分离株包括Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型,分别占55.28%、29.19%、12.42%和3.11%。应急处置后,核心区3 d的布雷图指数和叮咬指数达标率分别为62.77%和76.96%,8 d的达标率分别为77.46%和83.64%;输入病例核心区持续时间较本地病例核心区短(χ2=55.473,P<0.05)。结论杭州市登革热输入与本地病例高危人群不完全重合,本地核心区响应和适应机制不够及时。今后应持续加强输入病例检测,加强对本地病例核心区蚊媒的控制。

摘要：目的对杭州市一起农村登革热暴发疫情开展调查与分析,为制订农村登革热防控措施提供科学依据。方法采用描述性流行病学方法分析2018年9月杭州市农村一起登革热的流行病学特征;采集患者血清进行登革病毒核酸和抗体检测,提取病毒核酸后扩增E基因并测序,构建进化树;采用布雷图指数(BI)法进行蚊媒密度监测。结果该起疫情共报告登革热本地病例13例,罹患率为0.13%;其中,发病年龄最小30岁,最大79岁,以50岁以上人群为主;职业分布以农民居多。5株登革病毒株经序列分析,均属登革病毒1型,与泰国和缅甸等东南亚国家登革病毒1型同源性高。结论该起农村登革热本地暴发疫情由登革病毒1型引起,传染源可能来自东南亚国家,相关部门应进一步加强登革热输入病例监测。

摘要：目的:建立鉴定短乳杆菌的实时荧光定量PCR法。方法:根据GanBank登录的乳酸杆菌序列,以gyrB基因为靶目标设计引物和探针,对啤酒中分离到的6株乳酸杆菌进行实验,并对其中一个短乳杆菌样本作定量检测。结果:实时荧光定量PCR对短乳杆菌可产生特异扩增信号,对其他乳酸杆菌无响应。标准曲线的相关系数为0.97739,测得短乳杆菌样本浓度为15635拷贝/m l。结论:实时荧光定量PCR是一种快速、特异、灵敏检测短乳杆菌的方法。

摘要：目的:建立实时荧光PCR的方法检测肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)耐热肠毒素(ST Ia和ST Ib)基因。方法:设计引物和探针,优化实时荧光PCR检测STIa和STIb基因的反应条件。检测ST阳性或阴性的20株大肠埃希菌和2株霍乱弧菌以评估方法的特异性。对90份腹泻病人肛拭子标本,经BP增菌4 h后以煮沸法提取DNA模板,直接检测STIa和STIb基因,阳性标本以普通PCR检测ST基因进行复核,并从阳性的初始肛拭子标本中分离鉴定携带ST的菌株。结果:实时荧光PCR具有较高的特异性。90份腹泻病人标本中,9份标本ST Ib基因阳性(10.0%),2份标本为ST Ia基因阳性(2.2%);阳性标本以普通PCR复核,符合率为100%。在9份STIb基因阳性和2份ST Ia基因阳性的初始肛拭子标本中,分别有8份和2份分离到STIb基因阳性的ETEC和STIa阳性的ETEC。结论:建立的实时荧光PCR方法,可用于ETEC菌株ST毒力基因鉴定和临床腹泻粪便标本的直接快速筛检。