摘要：现有的棉花EST-SSR引物大都开发于中棉和陆地棉,尚没有海岛棉EST-SSR开发研究的报道.本研究从实验室构建的海岛棉纤维发育的cDNA文库中先取98条EST序列设计了119对EST-SSR引物.在这些SSR中,三核苷酸重复基序AAG含量最为丰富,达11.76%.用36份材料(13份A基因组二倍体材料,11份D基因组二倍体材料和12份AD基因组异源四倍体材料)评价新EST-SSR引物,119对引物中有76对成功扩增,共产生313条多态性条带,平均每对引物产生4.11条.这些引物的多态性信息含量(PIC)变化在0.17～0.95之间,平均0.53.根据Jaccard’s遗传相似系数对所用36份材料进行了聚类分析,聚类结果为3大类,分别为A基因组材料、D基因组材料和AD基因组材料.此外,有21对引物在本实验室的种间回交群体((鄂棉22×Pima3-79)×鄂棉22)DNA中表现多态性扩增,产生24个多态性位点,其中22个被锚定于该遗传连锁图的12条染色体.本研究不仅详细地概括了这批新的EST-SSR引物的特征,而且有力地证明了其在遗传多样性分析及遗传连锁图构建方面的应用价值.

摘要：实时定量PCR技术(qRT-PCR)能够快速地对多个样品进行基因表达分析,因此已成为芯片和微点阵数据验证的常用手段.为了得到更精确的数据,通常需要一个和多个内对照基因来平衡化qRT-PCR数据.目前一般选择持家基因(housekeeping gene)作为内对照,但很多持家基因的表达水平随着环境的改变而改变.在棉花纤维发育和体细胞胚发生机制研究过程中已经产生大量芯片和微点阵数据,但目前在采用实时定量PCR验证这些数据时都只用了一个持家基因来平衡化数据.为了验证其可靠性,本研究根据常用的持家基因(18S rRNA,Histone3,UBQ7,Actin,Cyclophilin,Gbpolyubiquitin-1和Gbpolyubi-quitin-2)设计了7对引物,用相对的绝对定量法验证了在棉花不同组织和不同发育阶段(21个样品)表达水平的稳定性,发现在纤维发育的后期(17 DPA(day post anthesis)以后),这些基因的表达都下调,而纤维发育后期特异表达基因AGP的表达从15DPA开始到27DPA一直都呈上升趋势.因此对于纤维系列特别是纤维发育后期基因的qRT-PCR更好的选择是相对的绝对定量.而对于非纤维系列,这些持家基因的表达水平相对纤维系列变化幅度较小,但为了得到更精确的表达数据,应该同时用Histone3,UBQ7和Gbpolyubiquitin-1一起来平衡化qRT-PCR数据.