摘要：根据全基因组测序已完成的栽培苹果基因组,设计、筛选针对新疆野苹果的特异性SSR引物。通过PCR扩增、基因测序筛选了15对可以在新疆野苹果和栽培苹果中扩增出稳定性高且具备多态性目的条带的特异性SSR引物;其中8对仅能在栽培苹果中扩增出特异性目的条带。15对特异性SSR引物对新疆野苹果和栽培苹果不同居群的SSR分析表明,新疆野苹果遗传多样性较为丰富,与栽培苹果不同居群分化程度较为显著,基因流水平较低。聚类分析表明,这15对特异性SSR引物可以将新疆野苹果和栽培苹果不同居群清晰区分。本研究利用新开发的SSR引物不仅可以揭示新疆野苹果和栽培苹果的遗传多样性和系统发育关系,对初步了解SSR变异位点的生物学功能以及丰富新疆野苹果和栽培苹果基因组的认识也有一定的作用,从而为更好地有效利用相关资源提供研究基础。